Fluidity 4.1.10

Changes:

* Changed -p*div(vfrac*u) to -p*vfrac*div(u) in the InternalEnergy equation.
    This term will only be included in the fluid phase's InternalEnergy
    equation, as noted in the manual.
* Merging the genpvd script: This python script generates a pvd file which can
    be loaded by Paraview and plays (p)vtu files in real time rather than by
    timestep/(p)vtu file.
* Change written VTU files from encoded base 64, to binary compressed. This
    results in files roughly 33% smaller.
* ASCII GMSH no longer supported with Intel compilers

Additions:

* Adding option to rename_checkpoint to also merge the stat file.
* Added CV support for the multiphase InternalEnergy equation.
* Added an options check to make sure the prognostic PhaseVolumeFraction field
    is in the particle phase(s) only.
* Included the PhaseVolumeFraction in the Diffusivity term if we are solving
    the multiphase InternalEnergy equation. This allows the user to add in the
    heat flux term diff( k Cv*vfrac*grad(ie) ) by specifying an isotropic
    diffusivity k/Cv.
* Added a P2-P1 compressible multiphase MMS test which uses a prognostic
    PhaseVolumeFraction field, rather than a prescribed one.
* Added mesh converter which allows one to convert mesh files between the mesh
    formats supported by Fluidity, whereas the mesh format ExodusII must not
    be used as the output format.
* Added tool to project a spherical vtu to a plane.
* Added generic diagnostic algorithm for calculating gradient of dg field;
    can now calculate bed shear stress using gradient of dg velocity field
* Added partial stress form for the bassi-rebay form of P1DGP2 - works for
    isotropic viscosities
* Added a pressure/density splitting technique to help to prevent spurious
    oscillations in the pressure field when using unbalanced finite element
    pairs.

Bug fixes:

* Fix over-allocation with cubic trace elements.
* Fix for piece_wise_constant_field() when called with non-linear input mesh.
* Preventing unexpected discretisation defaults when using cv equations with
    coefficient densities by forcing the user to specify discretisation_options
    if they're not available from the field itself.
* Fix two memory leaks in femtools/Global_Numbering.F90 relating to ilists
* Fix memory leaks in femtools/GMSH_Common.F90 by removing unneccesary dynamic
    allocation of arrays
* Sediment flux is no calculated after non-linear loop and uses the
    Crank-Nicholson values for concentration and velocity to determine
    deposited sediment
* Deposited sediment now assumes that normal velocity is zero (it should be a
    solid boundary)
* Fix some memory leaks due to generating surface fields
* Fix checkpointing with moving mesh+free surface.
* Fix bug in vertex based slope limiting caused by underflow producing a zero
    denominator.
* Fix periodic adaptivity with adapt_at_first_timestep.
* Fixes for gfortran 4.8.1 bugs, see:
    http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=57798
* Example fixes for BFS example tests
* Removed the untested and probably broken high_Re code

General updates from branches:

* Near null space
* Fluidity-momentum
* Merging in corrections on tensor transformations from
    fix_coord_transformations branch.