diff -Nru libpll-0.3.2/debian/changelog libpll-0.3.2/debian/changelog --- libpll-0.3.2/debian/changelog 2018-06-23 18:16:42.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/changelog 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -1,3 +1,17 @@ +libpll (0.3.2-3) unstable; urgency=medium + + * Team Upload. + + [ Steffen Moeller ] + * d/u/metadata: yamllint + + [ Nilesh Patra ] + * Add 2to3.patch + * Add autopkgtest + * Drop compat, switch to debhelper-compat 13 + + -- Nilesh Patra Thu, 16 Jul 2020 02:15:44 +0530 + libpll (0.3.2-2) unstable; urgency=medium * Team upload diff -Nru libpll-0.3.2/debian/compat libpll-0.3.2/debian/compat --- libpll-0.3.2/debian/compat 2018-06-23 18:04:29.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/compat 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 @@ -1 +0,0 @@ -11 diff -Nru libpll-0.3.2/debian/control libpll-0.3.2/debian/control --- libpll-0.3.2/debian/control 2018-06-23 18:04:29.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/control 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -3,15 +3,16 @@ Uploaders: Andreas Tille Section: science Priority: optional -Build-Depends: debhelper (>= 11~), +Build-Depends: debhelper-compat (= 13), d-shlibs, bison, flex, autoconf-archive -Standards-Version: 4.1.4 +Standards-Version: 4.5.0 Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/libpll Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/libpll.git Homepage: http://www.libpll.org/ +Rules-Requires-Root: no Package: libpll0 Architecture: any diff -Nru libpll-0.3.2/debian/libpll-dev.manpages libpll-0.3.2/debian/libpll-dev.manpages --- libpll-0.3.2/debian/libpll-dev.manpages 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/libpll-dev.manpages 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1 @@ +man/libpll.3 diff -Nru libpll-0.3.2/debian/patches/2to3.patch libpll-0.3.2/debian/patches/2to3.patch --- libpll-0.3.2/debian/patches/2to3.patch 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/patches/2to3.patch 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1,83 @@ +Author: Nilesh Patra +Description: Adapt to python3 syntax +Last-Changed: Thu July 16, 2020 +--- a/test/runtest.py ++++ b/test/runtest.py +@@ -1,4 +1,4 @@ +-#!/usr/bin/env python ++#!/usr/bin/python3 + # + # Copyright (C) 2015 Diego Darriba + # +@@ -213,7 +213,7 @@ + # Check the output + skipOutput = diffOutput("out/skip.out") + +- if skipOutput == "": ++ if skipOutput == b"": + fancyprint("orange", "\b\b\b\b\b") + testSKIP() + test_ok = -1 +@@ -221,7 +221,7 @@ + else: + output = diffOutput("out/"+filename+".out") + +- if output != "": ++ if output != b"": + fancyprint("red", " Test failed\n") + call(["mv", "tmp", "result/testfail_"+typestr+"_"+filename+"_"+nowstr]) + call(["mv", "tmperr", "result/testfail_"+typestr+"_"+filename+"_"+nowstr+".err"]) +@@ -295,13 +295,6 @@ + else: + attribstr += " CPU" + typestr += "C" +- +- fancyprint("bluebg", "{:<80}" +- .format(attribstr.rjust(40 + len(attribstr)/2)), True) +- +- # Process each test case +- fancyprint("yellow", "{:<7} {:<8} {:<18} {:>11} Result {:<17}" +- .format(" ","Start", "File", "Time", "Memcheck"),True) + + for filename in files: + cur_test = cur_test+1 +@@ -338,14 +331,14 @@ + # Check the output + skipOutput = diffOutput("out/skip.out") + +- if skipOutput == "": ++ if skipOutput == b"": + testSKIP() + print + result_ok = 1 + memory_ok = 1 + else: + output = diffOutput("out/"+filename+".out") +- if output == "": ++ if output == b"": + result_ok = 1 + testOK() + os.remove("tmp") +@@ -363,6 +356,7 @@ + # Check memory leaks + p3 = Popen(["./eval_valgrind.sh", "obj/"+filename, nowstr, attrib], stdout=PIPE) + output = p3.communicate()[0] ++ output = output.decode("utf-8") + deflost = int(output.split(' ')[0]) + indlost = int(output.split(' ')[1]) + reachable = int(output.split(' ')[2]) +@@ -431,7 +425,7 @@ + success_count = runValidation(files) + + # Final summary +- print ++ print() + global_run_time = int(time.time()*1000) - global_start_time + fancyprint("-", "Tests done... it took %d ms" % global_run_time, True) + fancyprint("green", " %d/%d (%3.2f%%) OK" +@@ -440,4 +434,4 @@ + fancyprint("red", " %d/%d (%3.2f%%) FAIL" + % (num_tests-success_count, num_tests, 100 - 100*success_count/num_tests), True) + +- print ++ print() diff -Nru libpll-0.3.2/debian/patches/series libpll-0.3.2/debian/patches/series --- libpll-0.3.2/debian/patches/series 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/patches/series 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1 @@ +2to3.patch diff -Nru libpll-0.3.2/debian/rules libpll-0.3.2/debian/rules --- libpll-0.3.2/debian/rules 2018-06-23 18:04:29.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/rules 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -26,3 +26,12 @@ --override s/ld-kfreebsd-x86-64-1-dev// \ --movedev debian/tmp/usr/include/* usr/include \ debian/tmp/usr/lib/*/*.so + +override_dh_installman: + sed -i 's/conjuction/conjunction/' man/libpll.3 + dh_installman + +override_dh_missing: + find . -type f \( -name "*.la" -o -name "libpll.3" \) | xargs rm -rf + find . -name 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20:45:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1,27 @@ +#!/bin/bash +set -e + +pkg=libpll-dev +CUR_DIR=`pwd` + +if [ "${AUTOPKGTEST_TMP}" = "" ] ; then + AUTOPKGTEST_TMP=$(mktemp -d /tmp/${pkg}-test.XXXXXX) + trap "rm -rf ${AUTOPKGTEST_TMP}" 0 INT QUIT ABRT PIPE TERM +fi + +cp ${CUR_DIR}/test/* -a "${AUTOPKGTEST_TMP}" +cp ${CUR_DIR}/debian/tests/testdata -a "${AUTOPKGTEST_TMP}" + +cd "${AUTOPKGTEST_TMP}" +ls + +sed -i 's/\-std=c99/\-std=c99 \-I\/usr\/include\/libpll/' Makefile +sed -i 43d Makefile +sed -i 49d Makefile +sed -i 's/env python/python3/' runtest.py + +echo 'Begin testing ...' +make +./runtest.py +echo 'PASS' + diff -Nru libpll-0.3.2/debian/tests/testdata/1000.tree libpll-0.3.2/debian/tests/testdata/1000.tree --- libpll-0.3.2/debian/tests/testdata/1000.tree 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ libpll-0.3.2/debian/tests/testdata/1000.tree 2020-07-15 20:45:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1 @@ 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Pissis and Alexandros Stamatakis - Title: A Generic Vectorization Scheme and a GPU Kernel for the Phylogenetic Likelihood Library - Journal: "Conference proceedings: Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops" - Year: 2013 - DOI: 10.1109/IPDPSW.2013.103 - URL: http://ieeexplore.ieee.org/document/6650928/ + - Author: > + Fernando Izquierdo-Carrasco and Nikolaos Alachiotis and Simon Berger + and Tomas Flouri and Solon P. Pissis and Alexandros Stamatakis + Title: > + A Generic Vectorization Scheme and a GPU Kernel for the Phylogenetic + Likelihood Library + Journal: > + Conference proceedings: Parallel and Distributed Processing Symposium + Workshops + Year: 2013 + DOI: 10.1109/IPDPSW.2013.103 + URL: http://ieeexplore.ieee.org/document/6650928