diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/changelog unifrac-tools-1.2/debian/changelog --- unifrac-tools-1.1.1/debian/changelog 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/changelog 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -1,3 +1,42 @@ +unifrac-tools (1.2-2) unstable; urgency=medium + + * Sneak in CFLAGS via CPPFLAGS to work around missing support of CLFAGS + in upstream Makefile + Closes: #1028051 + + -- Andreas Tille Mon, 09 Jan 2023 08:31:31 +0100 + +unifrac-tools (1.2-1) unstable; urgency=medium + + [ Andreas Tille ] + * Team Upload. + * Fix Homepage + Closes: #1026296 + * New upstream version + * Standards-Version: 4.6.2 (routine-update) + * Apply multi-arch hints. + libssu-dev: Add Multi-Arch: same. + * Refresh patches + + [ Nilesh Patra ] + * Do not pass -noshlib to ldflags + * Add patch to enable debug flags + + -- Nilesh Patra Thu, 05 Jan 2023 22:09:46 +0530 + +unifrac-tools (1.1.3-2) unstable; urgency=medium + + * Team Upload. + * Do not build unifrac-tools in parallel (Closes: #1026297) + + -- Nilesh Patra Sun, 18 Dec 2022 20:48:16 +0530 + +unifrac-tools (1.1.3-1) unstable; urgency=medium + + * Delete broken lintian-overrides + * New upstream version + + -- Andreas Tille Wed, 30 Nov 2022 08:49:15 +0100 + unifrac-tools (1.1.1-4) unstable; urgency=medium * Conflicts/Provides/Replaces: libssu-tools diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/control unifrac-tools-1.2/debian/control --- unifrac-tools-1.1.1/debian/control 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/control 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -14,10 +14,10 @@ liblapacke-dev, chrpath, python3 -Standards-Version: 4.6.1 +Standards-Version: 4.6.2 Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/unifrac-tools Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/unifrac-tools.git -Homepage: https://github.com/biocore/unifrac-tools +Homepage: https://github.com/biocore/unifrac-binaries Rules-Requires-Root: no Package: unifrac-tools @@ -66,6 +66,7 @@ Depends: libssu0 (= ${binary:Version}), ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends} +Multi-Arch: same Description: high-performance phylogenetic diversity calculations (dev) The de facto repository for high-performance phylogenetic diversity calculations. The methods in this repository are based on an diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/lintian-overrides unifrac-tools-1.2/debian/lintian-overrides --- unifrac-tools-1.1.1/debian/lintian-overrides 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/lintian-overrides 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 @@ -1,2 +0,0 @@ -# see https://lists.debian.org/debian-med/2018/06/msg00043.html -#PKGNAME#: script-with-language-extension usr/bin/*.* diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/baseline.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/baseline.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/baseline.patch 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/baseline.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -5,14 +5,14 @@ Last-Update: 2022-10-02 --- This patch header follows DEP-3: http://dep.debian.net/deps/dep3/ ---- unifrac-tools.orig/src/Makefile -+++ unifrac-tools/src/Makefile -@@ -73,8 +73,6 @@ +--- a/src/Makefile ++++ b/src/Makefile +@@ -73,8 +73,6 @@ ifneq (,$(findstring pgi,$(COMPILER))) else ifeq ($(PERFORMING_CONDA_BUILD),True) - CPPFLAGS += -mtune=generic + CPPFLAGS += -mtune=generic -mavx - else -- CPPFLAGS += -mfma -march=native +- CPPFLAGS += -mavx -mfma -march=native endif endif diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/enable-debug-flag.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/enable-debug-flag.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/enable-debug-flag.patch 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/enable-debug-flag.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -0,0 +1,14 @@ +Description: Add debug flag to cppflags +Author: Nilesh Patra +Last-Update: 2023-01-05 +--- a/src/Makefile ++++ b/src/Makefile +@@ -86,7 +86,7 @@ + BLASLIB=-llapacke -lblas + + +-CPPFLAGS += -Wall -std=c++14 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib ++CPPFLAGS += -g -Wall -std=c++14 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib + + all: api main install + diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -5,7 +5,7 @@ --- a/src/Makefile +++ b/src/Makefile -@@ -44,7 +44,7 @@ else +@@ -44,7 +44,7 @@ MPFLAG = -fopenmp endif @@ -14,3 +14,14 @@ CPPFLAGS += $(MPFLAG) UNIFRAC_FILES = unifrac_internal.o unifrac_cmp_cpu.o +@@ -110,8 +110,8 @@ + $(CXX) $(CPPFLAGS) $(EXEFLAGS) faithpd.cpp -o faithpd tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -lpthread + + libssu.so: tree.o biom.o unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o $(UNIFRAC_FILES) +-# $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 +- $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so.0 tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 -shlib -Wl,-soname,libssu.so.0 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 ++# $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 ++ $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so.0 tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 -shlib -Wl,-soname,libssu.so.0 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 + ln -sf libssu.so.0 libssu.so + # FIXME: Should build static lib as well + # $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.a tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/python3.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/python3.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/python3.patch 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/python3.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -1,3 +1,7 @@ +Author: Andreas Tille +Last-Update: Mon, 10 Oct 2022 15:15:26 +0200 +Description: Call Python3 + --- a/ci/crawford_test.sh +++ b/ci/crawford_test.sh @@ -17,12 +17,12 @@ ssu -i crawford.biom -t crawford.tre -o diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/remove_non-free_headers.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/remove_non-free_headers.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/remove_non-free_headers.patch 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/remove_non-free_headers.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -20,12 +20,12 @@ // centered must be pre-allocated and same size as mat (n_samples*n_samples)...will work even if centered==mat --- a/src/Makefile +++ b/src/Makefile -@@ -83,7 +83,7 @@ ifeq (,$(findstring pgi,$(COMPILER))) - CPPFLAGS += -Wextra -Wno-unused-parameter +@@ -85,7 +85,7 @@ ifeq (,$(findstring pgi,$(COMPILER))) + endif endif -BLASLIB=-llapacke -lcblas +BLASLIB=-llapacke -lblas - CPPFLAGS += -Wall -std=c++11 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib + CPPFLAGS += -Wall -std=c++14 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/series unifrac-tools-1.2/debian/patches/series --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/series 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/series 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -1,5 +1,6 @@ remove_non-free_headers.patch -enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch python3.patch soname.patch baseline.patch +enable_linking_to_shared_hdf5_lib.patch +enable-debug-flag.patch diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/soname.patch unifrac-tools-1.2/debian/patches/soname.patch --- unifrac-tools-1.1.1/debian/patches/soname.patch 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/patches/soname.patch 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -4,20 +4,20 @@ --- a/src/Makefile +++ b/src/Makefile -@@ -110,7 +110,11 @@ faithpd: faithpd.cpp tree.o biom.o unifr +@@ -112,7 +112,11 @@ faithpd: faithpd.cpp tree.o biom.o unifr $(CXX) $(CPPFLAGS) $(EXEFLAGS) faithpd.cpp -o faithpd tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -lpthread libssu.so: tree.o biom.o unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o $(UNIFRAC_FILES) -- $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -+ $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so.0 tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -lhdf5_cpp -llz4 -shlib -Wl,-soname,libssu.so.0 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib +- $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 ++# $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 ++ $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so.0 tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 -shlib -Wl,-soname,libssu.so.0 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 + ln -sf libssu.so.0 libssu.so + # FIXME: Should build static lib as well + # $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.a tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -+ api.o: api.cpp api.hpp unifrac.hpp skbio_alt.hpp biom.hpp tree.hpp $(CXX) $(CPPFLAGS) api.cpp -c -o api.o -fPIC -@@ -130,7 +134,7 @@ test: test_binaries +@@ -132,7 +136,7 @@ test: test_binaries ./test_api install: libssu.so ssu faithpd diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/debian/rules unifrac-tools-1.2/debian/rules --- unifrac-tools-1.1.1/debian/rules 2022-10-10 13:15:26.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/debian/rules 2023-01-09 07:31:31.000000000 +0000 @@ -4,10 +4,10 @@ export DEB_BUILD_MAINT_OPTIONS=hardening=+all export PYBUILD_NAME=unifrac -export DEB_BUILD_MAINT_OPTIONS=hardening=+all +export CPPFLAGS := $(CFLAGS) $(CPPFLAGS) %: - dh $@ + dh $@ --no-parallel override_dh_auto_build: mkdir -p $(CURDIR)/debian/tmp/usr/bin diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/.github/workflows/main.yml unifrac-tools-1.2/.github/workflows/main.yml --- unifrac-tools-1.1.1/.github/workflows/main.yml 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/.github/workflows/main.yml 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -13,12 +13,13 @@ build-and-test: strategy: matrix: - os: [ubuntu-latest, macos-latest] + os: [ubuntu-latest, macos-latest, linux-gpu-cuda] runs-on: ${{ matrix.os }} steps: - uses: actions/checkout@v2 - uses: conda-incubator/setup-miniconda@v2 - with: + with: + miniconda-version: "latest" auto-update-conda: true - name: Install shell: bash -l {0} @@ -32,12 +33,15 @@ sudo mv -f /Library/Developer/CommandLineTools /Library/Developer/CommandLineTools.org fi + df -h . if [[ "$(uname -s)" == "Linux" ]]; then - conda create --yes -n unifrac -c conda-forge -c bioconda gxx_linux-64 hdf5 mkl-include lz4 hdf5-static libcblas liblapacke make curl + conda create -q --yes -n unifrac -c conda-forge -c bioconda gxx_linux-64 hdf5 mkl-include lz4 zlib hdf5-static libcblas liblapacke make curl else - conda create --yes -n unifrac -c conda-forge -c bioconda clangxx_osx-64 hdf5 mkl-include lz4 hdf5-static libcblas liblapacke make curl + conda create -q --yes -n unifrac -c conda-forge -c bioconda clangxx_osx-64 hdf5 mkl-include lz4 hdf5-static libcblas liblapacke make curl fi + conda clean --yes -t + df -h . conda activate unifrac echo "$(uname -s)" if [[ "$(uname -s)" == "Linux" ]]; @@ -52,19 +56,25 @@ which h5c++ if [[ "$(uname -s)" == "Linux" ]]; then - ./scripts/install_hpc_sdk.sh + ./scripts/install_hpc_sdk.sh /miniconda3/envs/unifrac/bin/ssu $ ssu --help - usage: ssu -i -o -m [METHOD] -t [-n threads] [-a alpha] [-f] [--vaw] - [--mode [MODE]] [--start starting-stripe] [--stop stopping-stripe] [--partial-pattern ] + usage: ssu -i -o -m [METHOD] -t [-a alpha] [-f] [--vaw] + [--mode MODE] [--start starting-stripe] [--stop stopping-stripe] [--partial-pattern ] [--n-partials number_of_partitions] [--report-bare] [--format|-r out-mode] + [--n-substeps n] [--pcoa dims] [--diskbuf path] -i The input BIOM table. -t The input phylogeny in newick. -m The method, [unweighted | weighted_normalized | weighted_unnormalized | generalized | + unweighted_fp64 | weighted_normalized_fp64 | weighted_unnormalized_fp64 | generalized_fp64 | unweighted_fp32 | weighted_normalized_fp32 | weighted_unnormalized_fp32 | generalized_fp32]. -o The output distance matrix. - -n [OPTIONAL] The number of threads, default is 1. -a [OPTIONAL] Generalized UniFrac alpha, default is 1. -f [OPTIONAL] Bypass tips, reduces compute by about 50%. --vaw [OPTIONAL] Variance adjusted, default is to not adjust for variance. @@ -139,8 +149,9 @@ --start [OPTIONAL] If mode==partial, the starting stripe. --stop [OPTIONAL] If mode==partial, the stopping stripe. --partial-pattern [OPTIONAL] If mode==merge-partial, a glob pattern for partial outputs to merge. - --n-partials [OPTIONAL] If mode==partial-report, the number of partitions to compute. + --n-partials [OPTIONAL] If mode==partial-report, the number of partitions to compute. --report-bare [OPTIONAL] If mode==partial-report, produce barebones output. + --n-substeps [OPTIONAL] Internally split the problem in n substeps for reduced memory footprint, default is 1. --format|-r [OPTIONAL] Output format: ascii : [DEFAULT] Original ASCII format. hfd5 : HFD5 format. May be fp32 or fp64, depending on method. @@ -148,9 +159,16 @@ hdf5_fp64 : HFD5 format, using fp64 precision. --pcoa [OPTIONAL] Number of PCoA dimensions to compute (default: 10, do not compute if 0) --diskbuf [OPTIONAL] Use a disk buffer to reduce memory footprint. Provide path to a fast partition (ideally NVMe). + -n [OPTIONAL] DEPRECATED, no-op. + + Environment variables: + CPU parallelism is controlled by OMP_NUM_THREADS. If not defined, all detected core will be used. + GPU offload can be disabled with UNIFRAC_USE_GPU=N. By default, if a NVIDIA GPU is detected, it will be used. + A specific GPU can be selected with ACC_DEVICE_NUM. If not defined, the first GPU will be used. Citations: For UniFrac, please see: + Sfiligoi et al. mSystems 2022; DOI: 10.1128/msystems.00028-22 McDonald et al. Nature Methods 2018; DOI: 10.1038/s41592-018-0187-8 Lozupone and Knight Appl Environ Microbiol 2005; DOI: 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 Lozupone et al. Appl Environ Microbiol 2007; DOI: 10.1128/AEM.01996-06 diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/scripts/install_hpc_sdk.sh unifrac-tools-1.2/scripts/install_hpc_sdk.sh --- unifrac-tools-1.1.1/scripts/install_hpc_sdk.sh 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/scripts/install_hpc_sdk.sh 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -41,6 +41,7 @@ NV_URL=https://developer.download.nvidia.com/hpc-sdk/21.7/nvhpc_2021_217_Linux_x86_64_cuda_multi.tar.gz fi +echo "Downloading the NVIDIA HPC SDK" # Defaults to using curl # set USE_CURL=N if you want to use aria2 or wget if [ "x${USE_CURL}" == "x" ]; then @@ -51,7 +52,8 @@ tar xpzf nvhpc.tgz rm -f nvhpc.tgz else - curl "${NV_URL}" | tar xpzf - + # Do not unpack things we do not use for unifrac + curl -s "${NV_URL}" | tar xpzf - --exclude '*libcublas*' --exclude '*libcufft*' --exclude '*libcusparse*' --exclude '*libcusolver*' --exclude '*libcurand*' --exclude '*profilers*' --exclude '*comm_libs*' --exclude '*/doc/*' --exclude '*/plugin*' fi elif [ "x${USE_ARIA2}" == "x" ]; then aria2c "${NV_URL}" @@ -63,6 +65,8 @@ rm -f nvhpc_*.tar.gz fi +echo "Installing NVIDIA HPC SDK" + # must patch the install scripts to find the right gcc for f in nvhpc_*/install_components/install nvhpc_*/install_components/*/*/compilers/bin/makelocalrc nvhpc_*/install_components/install_cuda; do sed -i -e "s#PATH=/#PATH=$PWD/conda_nv_bins:/#g" $f @@ -123,4 +127,7 @@ PATH=${PWD}/conda_h5:\$PATH EOF +# we don't need the install dir anymore +rm -fr nvhpc_* + echo "Setup script avaiabile in $PWD/setup_nv_h5.sh" diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/api.cpp unifrac-tools-1.2/src/api.cpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/api.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/api.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -13,29 +13,53 @@ #include #include #include +#include #define MMAP_FD_MASK 0x0fff #define MMAP_FLAG 0x1000 -/* O_NOATIME is defined at fcntl.h when supported */ -#ifndef O_NOATIME -#define O_NOATIME 0 -#endif - +// Note: Threading is now full controlled by OpenMP. +// Any threads variable is really referring to n_substeps. +// The old naming was retained to minimize code refactoring. + +#define SETUP_TDBG(method) const char *tdbg_method=method; \ + bool print_tdbg = false;\ + if (const char* env_p = std::getenv("UNIFRAC_TIMING_INFO")) { \ + print_tdbg = true; \ + std::string env_s(env_p); \ + if ((env_s=="NO") || (env_s=="N") || (env_s=="no") || (env_s=="n") || \ + (env_s=="NEVER") || (env_s=="never")) print_tdbg = false; \ + } \ + time_t tgdb_t0; time(&tgdb_t0); \ + if(print_tdbg) printf("INFO (unifrac): Starting %s\n",tdbg_method); + +#define TDBG_STEP(sname) if(print_tdbg) {\ + time_t tgdb_t1; time(&tgdb_t1); \ + printf("INFO (unifrac): dt %4i : Completed %s.%s\n",(int)(tgdb_t1-tgdb_t0),tdbg_method,sname); \ + tgdb_t0 = tgdb_t1; \ + } #define CHECK_FILE(filename, err) if(!is_file_exists(filename)) { \ return err; \ } -#define SET_METHOD(requested_method, err) Method method; \ - if(std::strcmp(requested_method, "unweighted") == 0) \ - method = unweighted; \ - else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_normalized") == 0) \ - method = weighted_normalized; \ - else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_unnormalized") == 0) \ - method = weighted_unnormalized; \ - else if(std::strcmp(requested_method, "generalized") == 0) \ - method = generalized; \ +#define SET_METHOD(requested_method, err) Method method; \ + if(std::strcmp(requested_method, "unweighted") == 0) \ + method = unweighted_fp32; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_normalized") == 0) \ + method = weighted_normalized_fp32; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_unnormalized") == 0) \ + method = weighted_unnormalized_fp32; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "generalized") == 0) \ + method = generalized_fp32; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "unweighted_fp64") == 0) \ + method = unweighted; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_normalized_fp64") == 0) \ + method = weighted_normalized; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_unnormalized_fp64") == 0) \ + method = weighted_unnormalized; \ + else if(std::strcmp(requested_method, "generalized_fp64") == 0) \ + method = generalized; \ else if(std::strcmp(requested_method, "unweighted_fp32") == 0) \ method = unweighted_fp32; \ else if(std::strcmp(requested_method, "weighted_normalized_fp32") == 0) \ @@ -150,10 +174,12 @@ } inline compute_status is_fp64_method(const std::string &method_string, bool &fp64) { - if ((method_string=="unweighted_fp32") || (method_string=="weighted_normalized_fp32") || (method_string=="weighted_unnormalized_fp32") || (method_string=="generalized_fp32")) { + if ((method_string=="unweighted") || (method_string=="weighted_normalized") || (method_string=="weighted_unnormalized") || (method_string=="generalized")) { fp64 = false; - } else if ((method_string=="unweighted") || (method_string=="weighted_normalized") || (method_string=="weighted_unnormalized") || (method_string=="generalized")) { + } else if ((method_string=="unweighted_fp64") || (method_string=="weighted_normalized_fp64") || (method_string=="weighted_unnormalized_fp64") || (method_string=="generalized_fp64")) { fp64 = true; + } else if ((method_string=="unweighted_fp32") || (method_string=="weighted_normalized_fp32") || (method_string=="weighted_unnormalized_fp32") || (method_string=="generalized_fp32")) { + fp64 = false; } else { return unknown_method; } @@ -198,8 +224,12 @@ } else { std::string mmap_template(mmap_dir); mmap_template+="/su_mmap_XXXXXX"; - // note: mkostemp will update mmap_template in place + // note: mkstemp/mkostemp will update mmap_template in place +#ifdef O_NOATIME int fd=mkostemp((char *) mmap_template.c_str(), O_NOATIME ); +#else + int fd=mkstemp((char *) mmap_template.c_str() ); +#endif if (fd<0) { result->matrix = NULL; // leave error handling to the caller @@ -341,7 +371,7 @@ unsigned int stripe_start, unsigned int stripe_stop, bool bypass_tips, - unsigned int nthreads) { + unsigned int n_tasks) { // compute from start to the max possible stripe if stop doesn't make sense if(stripe_stop <= stripe_start) @@ -352,16 +382,16 @@ * * we use the remaining the chunksize for bins which cannot be full maximally */ - unsigned int fullchunk = ((stripe_stop - stripe_start) + nthreads - 1) / nthreads; // this computes the ceiling - unsigned int smallchunk = (stripe_stop - stripe_start) / nthreads; + unsigned int fullchunk = ((stripe_stop - stripe_start) + n_tasks - 1) / n_tasks; // this computes the ceiling + unsigned int smallchunk = (stripe_stop - stripe_start) / n_tasks; - unsigned int n_fullbins = (stripe_stop - stripe_start) % nthreads; + unsigned int n_fullbins = (stripe_stop - stripe_start) % n_tasks; if(n_fullbins == 0) - n_fullbins = nthreads; + n_fullbins = n_tasks; unsigned int start = stripe_start; - for(unsigned int tid = 0; tid < nthreads; tid++) { + for(unsigned int tid = 0; tid < n_tasks; tid++) { tasks[tid].tid = tid; tasks[tid].start = start; // stripe start tasks[tid].bypass_tips = bypass_tips; @@ -382,7 +412,9 @@ compute_status one_off_inmem_cpp(su::biom &table, su::BPTree &tree, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, bool bypass_tips, unsigned int nthreads, mat_t** result) { + SETUP_TDBG("one_off_inmem") SYNC_TREE_TABLE(tree, table) + TDBG_STEP("sync_tree_table") SET_METHOD(unifrac_method, unknown_method) const unsigned int stripe_stop = (table.n_samples + 1) / 2; @@ -400,11 +432,13 @@ set_tasks(tasks, alpha, table.n_samples, 0, stripe_stop, bypass_tips, nthreads); su::process_stripes(table, tree_sheared, method, variance_adjust, dm_stripes, dm_stripes_total, threads, tasks); + TDBG_STEP("process_stripes") initialize_mat(*result, table, true); // true -> is_upper_triangle for(unsigned int tid = 0; tid < threads.size(); tid++) { su::stripes_to_condensed_form(dm_stripes,table.n_samples,(*result)->condensed_form,tasks[tid].start,tasks[tid].stop); } + TDBG_STEP("stripes_to_condensed_form") destroy_stripes(dm_stripes, dm_stripes_total, table.n_samples, 0, 0); return okay; @@ -415,11 +449,13 @@ unsigned int nthreads, unsigned int stripe_start, unsigned int stripe_stop, partial_mat_t** result) { + SETUP_TDBG("partial") CHECK_FILE(biom_filename, table_missing) CHECK_FILE(tree_filename, tree_missing) SET_METHOD(unifrac_method, unknown_method) PARSE_SYNC_TREE_TABLE(tree_filename, table_filename) + TDBG_STEP("load_files") // we resize to the largest number of possible stripes even if only computing // partial, however we do not allocate arrays for non-computed stripes so // there is a little memory waste here but should be on the order of @@ -443,7 +479,9 @@ set_tasks(tasks, alpha, table.n_samples, stripe_start, stripe_stop, bypass_tips, nthreads); su::process_stripes(table, tree_sheared, method, variance_adjust, dm_stripes, dm_stripes_total, threads, tasks); + TDBG_STEP("process_stripes") initialize_partial_mat(*result, table, dm_stripes, stripe_start, stripe_stop, true); // true -> is_upper_triangle + TDBG_STEP("partial_mat") destroy_stripes(dm_stripes, dm_stripes_total, table.n_samples, stripe_start, stripe_stop); return okay; @@ -451,14 +489,17 @@ compute_status faith_pd_one_off(const char* biom_filename, const char* tree_filename, r_vec** result){ + SETUP_TDBG("faith_pd_one_off") CHECK_FILE(biom_filename, table_missing) CHECK_FILE(tree_filename, tree_missing) PARSE_SYNC_TREE_TABLE(tree_filename, table_filename) + TDBG_STEP("load_files") initialize_results_vec(*result, table); // compute faithpd su::faith_pd(table, tree_sheared, std::ref((*result)->values)); + TDBG_STEP("faith_pd") return okay; } @@ -466,10 +507,12 @@ compute_status one_off(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, bool bypass_tips, unsigned int nthreads, mat_t** result) { + SETUP_TDBG("one_off") CHECK_FILE(biom_filename, table_missing) CHECK_FILE(tree_filename, tree_missing) PARSE_TREE_TABLE(tree_filename, table_filename) + TDBG_STEP("load_files") // condensed form return one_off_inmem_cpp(table, tree, unifrac_method, variance_adjust, alpha, bypass_tips, nthreads, result); } @@ -481,6 +524,7 @@ bool bypass_tips, unsigned int nthreads, const char *mmap_dir, TMat** result) { + SETUP_TDBG("one_off_matrix_inmem") if (mmap_dir!=NULL) { if (mmap_dir[0]==0) mmap_dir = NULL; // easier to have a simple test going on } @@ -488,6 +532,7 @@ SET_METHOD(unifrac_method, unknown_method) SYNC_TREE_TABLE(tree, table) + TDBG_STEP("sync_tree_table") const unsigned int stripe_stop = (table.n_samples + 1) / 2; partial_mat_t *partial_mat = NULL; @@ -501,6 +546,7 @@ set_tasks(tasks, alpha, table.n_samples, 0, stripe_stop, bypass_tips, nthreads); su::process_stripes(table, tree_sheared, method, variance_adjust, dm_stripes, dm_stripes_total, threads, tasks); + TDBG_STEP("process_stripes") initialize_partial_mat(partial_mat, table, dm_stripes, 0, stripe_stop, true); // true -> is_upper_triangle if ((partial_mat==NULL) || (partial_mat->stripes==NULL) || (partial_mat->sample_ids==NULL) ) { fprintf(stderr, "Memory allocation error! (initialize_partial_mat)\n"); @@ -527,6 +573,7 @@ (4096/sizeof(TReal)); /* make it larger for mmap, as the limiting factor is swapping */ su::stripes_to_matrix_T(ps, partial_mat->n_samples, partial_mat->stripe_total, (*result)->matrix, tile_size); } + TDBG_STEP("stripes_to_matrix") destroy_partial_mat(&partial_mat); return okay; @@ -538,9 +585,11 @@ bool bypass_tips, unsigned int nthreads, const char *mmap_dir, mat_full_fp64_t** result) { + SETUP_TDBG("one_off_matrix") CHECK_FILE(biom_filename, table_missing) CHECK_FILE(tree_filename, tree_missing) PARSE_TREE_TABLE(tree_filename, biom_filename) + TDBG_STEP("load_files") return one_off_matrix_T(table,tree,unifrac_method,variance_adjust,alpha,bypass_tips,nthreads,mmap_dir,result); } @@ -549,9 +598,11 @@ bool bypass_tips, unsigned int nthreads, const char *mmap_dir, mat_full_fp32_t** result) { + SETUP_TDBG("one_off_matrix_fp32") CHECK_FILE(biom_filename, table_missing) CHECK_FILE(tree_filename, tree_missing) PARSE_TREE_TABLE(tree_filename, biom_filename) + TDBG_STEP("load_files") return one_off_matrix_T(table,tree,unifrac_method,variance_adjust,alpha,bypass_tips,nthreads,mmap_dir,result); } @@ -1425,7 +1476,7 @@ } -MergeStatus merge_partial(partial_mat_t** partial_mats, int n_partials, unsigned int nthreads, mat_t** result) { +MergeStatus merge_partial(partial_mat_t** partial_mats, int n_partials, unsigned int dummy, mat_t** result) { MergeStatus err = check_partial(partial_mats, n_partials, false); if (err!=merge_okay) return err; diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/api.hpp unifrac-tools-1.2/src/api.hpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/api.hpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/api.hpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -171,7 +171,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads to use. + * n_substeps the number of substeps to use. * result the resulting distance matrix in condensed form, this is initialized within the method so using ** * * one_off returns the following error codes: @@ -184,7 +184,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus one_off(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int threads, mat_t** result); + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, mat_t** result); /* Compute UniFrac - against in-memory objects returning full form matrix @@ -195,7 +195,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads to use. + * n_substeps the number of substeps to use. * result the resulting distance matrix in full form, this is initialized within the method so using ** * * one_off_inmem returns the following error codes: @@ -206,7 +206,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus one_off_inmem(const support_biom_t *table_data, const support_bptree_t *tree_data, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int threads, mat_full_fp64_t** result); + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, mat_full_fp64_t** result); /* Compute UniFrac - against in-memory objects returning full form matrix, fp32 * @@ -216,7 +216,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads to use. + * n_substeps the number of substeps to use. * result the resulting distance matrix in full form, this is initialized within the method so using ** * * one_off_inmem returns the following error codes: @@ -227,7 +227,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus one_off_inmem_fp32(const support_biom_t *table_data, const support_bptree_t *tree_data, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int threads, mat_full_fp32_t** result); + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, mat_full_fp32_t** result); /* Compute UniFrac - matrix form * @@ -237,7 +237,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads/blocks to use. + * n_substeps the number of substeps/blocks to use. * mmap_dir If not NULL, area to use for temp memory storage * result the resulting distance matrix in matrix form, this is initialized within the method so using ** * @@ -251,7 +251,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus one_off_matrix(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int nthreads, + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, const char *mmap_dir, mat_full_fp64_t** result); @@ -263,7 +263,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads/blocks to use. + * n_substeps the number of substeps/blocks to use. * mmap_dir If not NULL, area to use for temp memory storage * result the resulting distance matrix in matrix form, this is initialized within the method so using ** * @@ -277,7 +277,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus one_off_matrix_fp32(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int nthreads, + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, const char *mmap_dir, mat_full_fp32_t** result); @@ -306,7 +306,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads to use. + * n_substeps the number of substeps to use. * format output format to use. * pcoa_dims if not 0, number of dimensions to use or PCoA * mmap_dir if not empty, temp dir to use for disk-based memory @@ -322,7 +322,7 @@ */ EXTERN ComputeStatus unifrac_to_file(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* out_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int threads, const char* format, + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, const char* format, unsigned int pcoa_dims, const char *mmap_dir); /* Write a matrix object @@ -429,7 +429,7 @@ * variance_adjust whether to apply variance adjustment. * alpha GUniFrac alpha, only relevant if method == generalized. * bypass_tips disregard tips, reduces compute by about 50% - * threads the number of threads to use. + * n_substeps the number of substeps to use. * stripe_start the starting stripe to compute * stripe_stop the last stripe to compute * dm_stripes the unique branch length stripes. This is expected to be @@ -448,7 +448,7 @@ EXTERN ComputeStatus partial(const char* biom_filename, const char* tree_filename, const char* unifrac_method, bool variance_adjust, double alpha, - bool bypass_tips, unsigned int threads, unsigned int stripe_start, + bool bypass_tips, unsigned int n_substeps, unsigned int stripe_start, unsigned int stripe_stop, partial_mat_t** result); /* Write a partial matrix object @@ -558,7 +558,7 @@ * sample_id_consistency : samples described by stripes are inconsistent * square_mismatch : inconsistency on denotation of square matrix */ -EXTERN MergeStatus merge_partial(partial_mat_t** partial_mats, int n_partials, unsigned int nthreads, mat_t** result); +EXTERN MergeStatus merge_partial(partial_mat_t** partial_mats, int n_partials, unsigned int dummy, mat_t** result); /* Merge partial results * @@ -651,6 +651,6 @@ unsigned int stripe_start, unsigned int stripe_stop, bool bypass_tips, - unsigned int nthreads); + unsigned int n_tasks); #endif diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/biom.cpp unifrac-tools-1.2/src/biom.cpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/biom.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/biom.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -127,8 +127,8 @@ } // not using const on indices/indptr/data as the pointers are being borrowed -biom::biom(char** obs_ids_in, - char** samp_ids_in, +biom::biom(const char* const * obs_ids_in, + const char* const * samp_ids_in, uint32_t* indices, uint32_t* indptr, double* data, diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/biom.hpp unifrac-tools-1.2/src/biom.hpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/biom.hpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/biom.hpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -41,8 +41,8 @@ * @param n_samples number of samples * @param nnz number of data points */ - biom(char** obs_ids, - char** samp_ids, + biom(const char* const * obs_ids, + const char* const * samp_ids, uint32_t* index, uint32_t* indptr, double* data, diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/Makefile unifrac-tools-1.2/src/Makefile --- unifrac-tools-1.1.1/src/Makefile 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/Makefile 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -58,9 +58,9 @@ ACCCPPFLAGS += -ta=tesla:ccall else ACCCPPFLAGS += -ta=tesla + # optional info + ACCCPPFLAGS += -Minfo=accel endif - # optional info - ACCCPPFLAGS += -Minfo=accel LDDFLAGS += -shlib -acc -Bstatic_pgi EXEFLAGS += -acc -Bstatic_pgi endif @@ -68,25 +68,27 @@ ifneq (,$(findstring pgi,$(COMPILER))) ifeq ($(PERFORMING_CONDA_BUILD),True) - CPPFLAGS += -tp=sandybridge + CPPFLAGS += -tp=sandybridge -Mvect=simd:256 endif else ifeq ($(PERFORMING_CONDA_BUILD),True) - CPPFLAGS += -mtune=generic + CPPFLAGS += -mtune=generic -mavx else - CPPFLAGS += -mfma -march=native + CPPFLAGS += -mavx -mfma -march=native endif endif ifeq (,$(findstring pgi,$(COMPILER))) + ifneq ($(PERFORMING_CONDA_BUILD),True) # basically, not gcc CPPFLAGS += -Wextra -Wno-unused-parameter + endif endif BLASLIB=-llapacke -lcblas -CPPFLAGS += -Wall -std=c++11 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib +CPPFLAGS += -Wall -std=c++14 -pedantic -I. $(OPT) -fPIC -L$(PREFIX)/lib all: api main install @@ -110,7 +112,7 @@ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(EXEFLAGS) faithpd.cpp -o faithpd tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -lpthread libssu.so: tree.o biom.o unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o $(UNIFRAC_FILES) - $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -lhdf5_cpp -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib + $(CXX) $(LDDFLAGS) -o libssu.so tree.o biom.o $(UNIFRAC_FILES) unifrac.o cmd.o skbio_alt.o api.o -lc -llz4 $(BLASLIB) -L$(PREFIX)/lib -noshlib -lhdf5_cpp -lhdf5_hl_cpp -lhdf5_hl -lhdf5 api.o: api.cpp api.hpp unifrac.hpp skbio_alt.hpp biom.hpp tree.hpp $(CXX) $(CPPFLAGS) api.cpp -c -o api.o -fPIC @@ -148,6 +150,8 @@ echo CXX1X=h5c++ > ~/.R/Makevars echo CXX=h5c++ >> ~/.R/Makevars echo CC=h5c++ >> ~/.R/Makevars + echo CFLAGS= >> ~/.R/Makevars + echo CXXFLAGS= >> ~/.R/Makevars echo LDFLAGS= -llz4 $(BLASLIB) >> ~/.R/Makevars rm -f *.o Rscript R_interface/rapi_test.R diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/su.cpp unifrac-tools-1.2/src/su.cpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/su.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/su.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -13,15 +13,17 @@ enum Format {format_invalid,format_ascii, format_hdf5_fp32, format_hdf5_fp64}; void usage() { - std::cout << "usage: ssu -i -o -m [METHOD] -t [-n threads] [-a alpha] [-f] [--vaw]" << std::endl; - std::cout << " [--mode [MODE]] [--start starting-stripe] [--stop stopping-stripe] [--partial-pattern ]" << std::endl; + std::cout << "usage: ssu -i -o -m [METHOD] -t [-a alpha] [-f] [--vaw]" << std::endl; + std::cout << " [--mode MODE] [--start starting-stripe] [--stop stopping-stripe] [--partial-pattern ]" << std::endl; std::cout << " [--n-partials number_of_partitions] [--report-bare] [--format|-r out-mode]" << std::endl; + std::cout << " [--n-substeps n] [--pcoa dims] [--diskbuf path]" << std::endl; std::cout << std::endl; std::cout << " -i\t\tThe input BIOM table." << std::endl; std::cout << " -t\t\tThe input phylogeny in newick." << std::endl; - std::cout << " -m\t\tThe method, [unweighted | weighted_normalized | weighted_unnormalized | generalized | unweighted_fp32 | weighted_normalized_fp32 | weighted_unnormalized_fp32 | generalized_fp32]." << std::endl; + std::cout << " -m\t\tThe method, [unweighted | weighted_normalized | weighted_unnormalized | generalized |" << std::endl; + std::cout << " unweighted_fp64 | weighted_normalized_fp64 | weighted_unnormalized_fp64 | generalized_fp64 |" << std::endl; + std::cout << " unweighted_fp32 | weighted_normalized_fp32 | weighted_unnormalized_fp32 | generalized_fp32]." << std::endl; std::cout << " -o\t\tThe output distance matrix." << std::endl; - std::cout << " -n\t\t[OPTIONAL] The number of threads, default is 1." << std::endl; std::cout << " -a\t\t[OPTIONAL] Generalized UniFrac alpha, default is 1." << std::endl; std::cout << " -f\t\t[OPTIONAL] Bypass tips, reduces compute by about 50%." << std::endl; std::cout << " --vaw\t[OPTIONAL] Variance adjusted, default is to not adjust for variance." << std::endl; @@ -36,6 +38,7 @@ std::cout << " --partial-pattern\t[OPTIONAL] If mode==merge-partial or check-partial, a glob pattern for partial outputs to merge." << std::endl; std::cout << " --n-partials\t[OPTIONAL] If mode==partial-report, the number of partitions to compute." << std::endl; std::cout << " --report-bare\t[OPTIONAL] If mode==partial-report, produce barebones output." << std::endl; + std::cout << " --n-substeps\t[OPTIONAL] Internally split the problem in n substeps for reduced memory footprint, default is 1." << std::endl; std::cout << " --format|-r\t[OPTIONAL] Output format:" << std::endl; std::cout << " \t\t ascii : [DEFAULT] Original ASCII format." << std::endl; std::cout << " \t\t hfd5 : HFD5 format. May be fp32 or fp64, depending on method." << std::endl; @@ -43,9 +46,16 @@ std::cout << " \t\t hdf5_fp64 : HFD5 format, using fp64 precision." << std::endl; std::cout << " --pcoa\t[OPTIONAL] Number of PCoA dimensions to compute (default: 10, do not compute if 0)" << std::endl; std::cout << " --diskbuf\t[OPTIONAL] Use a disk buffer to reduce memory footprint. Provide path to a fast partition (ideally NVMe)." << std::endl; + std::cout << " -n\t\t[OPTIONAL] DEPRECATED, no-op." << std::endl; + std::cout << std::endl; + std::cout << "Environment variables: " << std::endl; + std::cout << " CPU parallelism is controlled by OMP_NUM_THREADS. If not defined, all detected core will be used." << std::endl; + std::cout << " GPU offload can be disabled with UNIFRAC_USE_GPU=N. By default, if a NVIDIA GPU is detected, it will be used." << std::endl; + std::cout << " A specific GPU can be selected with ACC_DEVICE_NUM. If not defined, the first GPU will be used." << std::endl; std::cout << std::endl; std::cout << "Citations: " << std::endl; std::cout << " For UniFrac, please see:" << std::endl; + std::cout << " Sfiligoi et al. mSystems 2022; DOI: 10.1128/msystems.00028-22" << std::endl; std::cout << " McDonald et al. Nature Methods 2018; DOI: 10.1038/s41592-018-0187-8" << std::endl; std::cout << " Lozupone and Knight Appl Environ Microbiol 2005; DOI: 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005" << std::endl; std::cout << " Lozupone et al. Appl Environ Microbiol 2007; DOI: 10.1128/AEM.01996-06" << std::endl; @@ -296,7 +306,7 @@ int mode_partial(std::string table_filename, std::string tree_filename, std::string output_filename, std::string method_string, bool vaw, double g_unifrac_alpha, bool bypass_tips, - unsigned int nthreads, int start_stripe, int stop_stripe) { + unsigned int nsubsteps, int start_stripe, int stop_stripe) { if(output_filename.empty()) { err("output filename missing"); return EXIT_FAILURE; @@ -329,7 +339,7 @@ partial_mat_t *result = NULL; compute_status status; status = partial(table_filename.c_str(), tree_filename.c_str(), method_string.c_str(), - vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nthreads, start_stripe, stop_stripe, &result); + vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nsubsteps, start_stripe, stop_stripe, &result); if(status != okay || result == NULL) { fprintf(stderr, "Compute failed in partial: %s\n", compute_status_messages[status]); exit(EXIT_FAILURE); @@ -350,7 +360,7 @@ const std::string &output_filename, const std::string &format_str, Format format_val, const std::string &method_string, unsigned int pcoa_dims, bool vaw, double g_unifrac_alpha, bool bypass_tips, - unsigned int nthreads, const std::string &mmap_dir) { + unsigned int nsubsteps, const std::string &mmap_dir) { if(output_filename.empty()) { err("output filename missing"); return EXIT_FAILURE; @@ -376,7 +386,7 @@ mat_t *result = NULL; status = one_off(table_filename.c_str(), tree_filename.c_str(), method_string.c_str(), - vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nthreads, &result); + vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nsubsteps, &result); if(status != okay || result == NULL) { fprintf(stderr, "Compute failed in one_off: %s\n", compute_status_messages[status]); exit(EXIT_FAILURE); @@ -394,7 +404,7 @@ const char * mmap_dir_c = mmap_dir.empty() ? NULL : mmap_dir.c_str(); status = unifrac_to_file(table_filename.c_str(), tree_filename.c_str(), output_filename.c_str(), - method_string.c_str(), vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nthreads, format_str.c_str(), + method_string.c_str(), vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nsubsteps, format_str.c_str(), pcoa_dims, mmap_dir_c); if (status != okay) { @@ -422,10 +432,10 @@ } else if (format_string == "hdf5_fp64") { format_val = format_hdf5_fp64; } else if (format_string == "hdf5") { - if ((method_string=="unweighted_fp32") || (method_string=="weighted_normalized_fp32") || (method_string=="weighted_unnormalized_fp32") || (method_string=="generalized_fp32")) - format_val = format_hdf5_fp32; - else + if ((method_string=="unweighted_fp64") || (method_string=="weighted_normalized_fp64") || (method_string=="weighted_unnormalized_fp64") || (method_string=="generalized_fp64")) format_val = format_hdf5_fp64; + else + format_val = format_hdf5_fp32; } return format_val; @@ -439,12 +449,14 @@ return EXIT_SUCCESS; } - unsigned int nthreads; + unsigned int nsubsteps; std::string table_filename = input.getCmdOption("-i"); std::string tree_filename = input.getCmdOption("-t"); std::string output_filename = input.getCmdOption("-o"); std::string method_string = input.getCmdOption("-m"); - std::string nthreads_arg = input.getCmdOption("-n"); + // deprecated, but we still want to support it, even as a no-op + std::string nold_arg = input.getCmdOption("-n"); + std::string nsubsteps_arg = input.getCmdOption("--n-substeps"); std::string gunifrac_arg = input.getCmdOption("-a"); std::string mode_arg = input.getCmdOption("--mode"); std::string start_arg = input.getCmdOption("--start"); @@ -457,10 +469,10 @@ std::string pcoa_arg = input.getCmdOption("--pcoa"); std::string diskbuf_arg = input.getCmdOption("--diskbuf"); - if(nthreads_arg.empty()) { - nthreads = 1; + if(nsubsteps_arg.empty()) { + nsubsteps = 1; } else { - nthreads = atoi(nthreads_arg.c_str()); + nsubsteps = atoi(nsubsteps_arg.c_str()); } bool vaw = input.cmdOptionExists("--vaw"); @@ -521,9 +533,9 @@ if(mode_arg.empty() || mode_arg == "one-off") - return mode_one_off(table_filename, tree_filename, output_filename, format_arg, format_val, method_string, pcoa_dims, vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nthreads, diskbuf_arg); + return mode_one_off(table_filename, tree_filename, output_filename, format_arg, format_val, method_string, pcoa_dims, vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nsubsteps, diskbuf_arg); else if(mode_arg == "partial") - return mode_partial(table_filename, tree_filename, output_filename, method_string, vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nthreads, start_stripe, stop_stripe); + return mode_partial(table_filename, tree_filename, output_filename, method_string, vaw, g_unifrac_alpha, bypass_tips, nsubsteps, start_stripe, stop_stripe); else if(mode_arg == "merge-partial") return mode_merge_partial(output_filename, format_val, pcoa_dims, partial_pattern, diskbuf_arg); else if(mode_arg == "check-partial") diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/compare_unifrac_matrix.py unifrac-tools-1.2/src/testdata/compare_unifrac_matrix.py --- unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/compare_unifrac_matrix.py 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/testdata/compare_unifrac_matrix.py 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1,31 @@ +#!/usr/bin/env python + +# Requires h5py library +# Usage: +# compare_unifrac_matrix.py fname1 fname2 precisio +# +# Example: +# compare_unifrac_matrix.py test500.unweighted_fp32.f.h5 a.h5 1.e-5 +# +import h5py +import sys + +fname1=sys.argv[1] +fname2=sys.argv[2] +prec=float(sys.argv[3]) + +d1= h5py.File(fname1)['matrix'][:,:] +d2= h5py.File(fname2)['matrix'][:,:] + +l1=len(d1) +l2=len(d2) +if (l1!=l2): + print("The two files do not have the same number of rows") + sys.exit(1) + +for r in range(l1): + m=max(abs(d1[r,:]-d2[r,:])) + if (m>prec): + print("Diff too large at row %i: %e>%e"%(r,m,prec)) + sys.exit(2) +print("Files match within precision") diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/compare_unifrac_pcoa.py unifrac-tools-1.2/src/testdata/compare_unifrac_pcoa.py --- unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/compare_unifrac_pcoa.py 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/testdata/compare_unifrac_pcoa.py 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1,33 @@ +#!/usr/bin/env python + +# Requires h5py library +# Usage: +# compare_unifrac_pcoa.py fname1 fname2 elements precision +# +# Example: +# compare_unifrac_pcoa.py test500.unweighted_fp32.f.h5 a.h5 3 0.1 +# +import h5py +import sys + +fname1=sys.argv[1] +fname2=sys.argv[2] +els=int(sys.argv[3]) +prec=float(sys.argv[4]) + +d1= h5py.File(fname1)['pcoa_eigvals'][:els] +d2= h5py.File(fname2)['pcoa_eigvals'][:els] + +l1=len(d1) +l2=len(d2) +if (l1!=l2): + print("The two files do not have the same number of elements") + sys.exit(1) + +m=max(abs((d1[:]-d2[:])/d1[:])) +if (m>prec): + print("Diff too large: %e>%e "%(m,prec)) + print("Raw data:",d1,d2, abs((d1[:]-d2[:])/d1[:])) + sys.exit(2) + +print("Files match within precision") Binary files /tmp/tmpgs_s8p_5/reRbEE6lAk/unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/test500.biom and /tmp/tmpgs_s8p_5/MTCi7rmy5e/unifrac-tools-1.2/src/testdata/test500.biom differ diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/test500.tre unifrac-tools-1.2/src/testdata/test500.tre --- unifrac-tools-1.1.1/src/testdata/test500.tre 1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/testdata/test500.tre 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -0,0 +1 @@ +(TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTCTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTCAAC:6.61352e-06,(((((((((TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:6.11352e-06,TACCAGCACCCCGAGTGGTTGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:0.00999514):0.000917916,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTCAAC:0.00261363742):0.0102693,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCAGCTGCTCAAC:0.01931846352):6.24602e-06,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:6.11352e-06):0.00319172,(((TACCAGCCCCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTGCAAGTCCTCCGTTAAATCCACCCGCTCAAC:0.0103899,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTCCTGCAAGTCCTCCGTTAAATCCACCCGCTCAAC:6.11352e-06):0.02733662,((TACCAGCCCCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTACTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTCAAC:0.0205829,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTACTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTCAAC:0.0101078):0.0,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTACTGCAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:6.11352e-06):0.008584173912):0.0039268,((TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTCTTTAAGTCCTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:0.01916352352,((TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCATCTGCTTAAC:0.00783990352,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTTAAC:0.00159499352):0.00189605,TACCAGCACCCCGAGTGGTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTCTACAAGTCTTCCGTTAAATCCACCTGCTCAAC:0.00173155352):0.00452652):0.00379911,(((((((TACCAGCACCTCGAGTGGTCAGGAGGTTTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTGTTTAAGTCTTCGGTTAAATCTATGCGCTCAAC:0.019150100000000003,AACCAGCACCTCGAGTGGTCAGGAGGTTTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTATCTAAGTTTTCGGTTAAATCTATGCGCTCAAC:0.029806219999999998):0.00541946,(AACCAGCACCTCGAGTGGTCAGGAGGTTTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTGTTTAAGTTTTCGGTTAAATCTATGCGCTTAAC:0.0,CACCAGCACCTCGAGTGGTCAGGAGGTTTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTGTTTAAGTTTTCGGTTAAATCTATGCGCTTAAC:0.0):0.00696571352):0.01100074,AACCAGCACCTCGAGTGGTCAGGAGGTTTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGTTGTTTAAGTTTCCGGTTAAATCTATACGCTTAAC:6.11352e-06):0.0234866,(((((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTTTGTTAGTTTTCGGTTAAATCCATGTGCTCAAC:0.01434871352,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATGTGCTCAAC:0.0058710935200000005):1e-06,(AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGAGGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGCTCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCTATATGCTCAAC:0.04996816552,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGAGGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATGTGCTCAAC:0.005886104519999999):0.00751233):0.03127663,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGGTGCATAAGTTTTCGGTTAAATCCATATGCTCAAC:0.03119832352):0.00779537,((((((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCAGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTTAAC:0.01236871352,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCAGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTCAAC:0.00958868352):0.007468605,((((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTATAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTCAAC:6.11352e-06,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCCATAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTCAAC:0.00978918):0.00077322164,AACCAGCACCTCAAGTTGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTGTTAGTTTTCGGTTAAATCTATACGCTTAAC:0.02323885):0.0016684099999999997,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGATCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTCAAC:0.03009339052):0.00394273,((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTCAAC:0.0049613585200000004,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTACGCTTAAC:0.00416788352):0.00498207,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCGGCTCTGTAAGTTTTCGGTTAAATCTGTATGCTCAAC:0.0035342835199999997):0.002719101):0.001673459):0.013176549999999999,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGCTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATGTGCTCAAC:0.06326439352):0.0113987,(((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGCTTTGTCAGTTTTCGGTTAAATCCATACGCTTAAC:0.01494841352,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGCTTTGCCAGTTTTCGGTTAAATCCATACGCTTAAC:0.012033958519999999):0.00071013,(AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCTGCTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATACGCTCAAC:6.61352e-06,(AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCTTGCTTTGTAAGTTCTCGGTTAAATCCATACGCTTAAC:0.0192966,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCCAGCTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATACGCTTAAC:0.00968193):0.00816443):0.00598269):0.01231656,(((AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCTCGTTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATGCGCTTAAC:0.00440287852,(AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCTCGTTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATACGCTTAAC:0.0049905735199999995,AACCAGCACCTCAAGTGGTCAGGATGATTATTGGGCCTAAAGCATCCGTAGCTCGTTTTGTAAGTTTTCGGTTAAATCCATGCGCTCAAC:0.00840397852):0.00166054):0.00359957,AACCAG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unifrac-tools-1.1.1/src/tree.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/tree.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -52,7 +52,7 @@ index_and_cache(); } -BPTree::BPTree(const bool* input_structure, const double* input_lengths, char** input_names, const int n_parens) { +BPTree::BPTree(const bool* input_structure, const double* input_lengths, const char* const * input_names, const int n_parens) { structure = std::vector(); lengths = std::vector(); names = std::vector(); diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/tree.hpp unifrac-tools-1.2/src/tree.hpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/tree.hpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/tree.hpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -51,7 +51,7 @@ * @param input_names A char* array of the names * @param n_parens The length of the topology */ - BPTree(const bool* input_structure, const double* input_lengths, char** input_names, const int n_parens); + BPTree(const bool* input_structure, const double* input_lengths, const char* const * input_names, const int n_parens); /* postorder tree traversal * diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_internal.cpp unifrac-tools-1.2/src/unifrac_internal.cpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_internal.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/unifrac_internal.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -29,10 +29,11 @@ va_start(args, format); pthread_mutex_lock(&printf_mutex); - vprintf(format, args); + int cnt = vprintf(format, args); pthread_mutex_unlock(&printf_mutex); va_end(args); + return cnt; } static void sig_handler(int signo) { diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_task.cpp unifrac-tools-1.2/src/unifrac_task.cpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_task.cpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/unifrac_task.cpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -2,29 +2,35 @@ #include "unifrac_task.hpp" #include +#ifndef _OPENACC +// popcnt returns number of bits set to 1, if supported by fast HW compute +// else return 0 when v is 0 and max-bits else +// Note: The user of popcnt in this file must be able to use this modified semantics + +#if __AVX__ +#include +static inline int32_t popcnt_u32(uint32_t v) {return _mm_popcnt_u32(v);} +static inline int64_t popcnt_u64(uint64_t v) {return _mm_popcnt_u64(v);} +#else +static inline int32_t popcnt_u32(uint32_t v) {return (v==0) ? 0 : 32;} +static inline int64_t popcnt_u64(uint64_t v) {return (v==0) ? 0 : 64;} +// For future non-x86 ports, see https://barakmich.dev/posts/popcnt-arm64-go-asm/ +// and https://stackoverflow.com/questions/38113284/whats-the-difference-between-builtin-popcountll-and-mm-popcnt-u64 +#endif +#endif - - +// check for zero values and pre-compute single column sums template -void SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::_run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ lengths) { - const uint64_t start_idx = this->task_p->start; - const uint64_t stop_idx = this->task_p->stop; - const uint64_t n_samples = this->task_p->n_samples; - const uint64_t n_samples_r = this->dm_stripes.n_samples_r; - - // openacc only works well with local variables - const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions = this->embedded_proportions; - TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf = this->dm_stripes.buf; - - bool * const __restrict__ zcheck = this->zcheck; - TFloat * const __restrict__ sums = this->sums; - - const uint64_t step_size = SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::step_size; - const uint64_t sample_steps = (n_samples+(step_size-1))/step_size; // round up - - // check for zero values and pre-compute single column sums +static inline void WeightedZerosAndSums( + bool * const __restrict__ zcheck, + TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t n_samples, + const uint64_t n_samples_r) { #ifdef _OPENACC -#pragma acc parallel loop present(embedded_proportions,lengths,zcheck,sums) +#pragma acc parallel loop gang vector present(embedded_proportions,lengths,zcheck,sums) #else #pragma omp parallel for default(shared) #endif @@ -44,27 +50,172 @@ sums[k] = my_sum; zcheck[k] = all_zeros; } +} +// Single step in computing Weighted part of Unifrac +template +static inline TFloat WeightedVal1( + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t k, + const uint64_t l1) { + TFloat my_stripe = 0.0; - // now do the real compute -#ifdef _OPENACC - const unsigned int acc_vector_size = SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::acc_vector_size; -#pragma acc parallel loop collapse(3) vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,lengths,zcheck,sums) async -#else - // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop -#pragma omp parallel for default(shared) schedule(dynamic,1) -#endif - for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { - for(uint64_t stripe = start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { - for(uint64_t ik = 0; ik < step_size ; ik++) { - const uint64_t k = sk*step_size + ik; + for (uint64_t emb=0; emb=n_samples) continue; // past the limit + TFloat u1 = embedded_proportions[offset + k]; + TFloat v1 = embedded_proportions[offset + l1]; + TFloat diff1 = u1 - v1; + TFloat length = lengths[emb]; + + my_stripe += fabs(diff1) * length; + } // for emb - const bool zcheck_k = zcheck[sk]; // due to loop collapse in ACC, must load in here + return my_stripe; +} - const uint64_t l1 = (k + stripe + 1)%n_samples; // wraparound +#ifndef _OPENACC +template +static inline void WeightedVal4( + TFloat * const __restrict__ stripes, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + TFloat my_stripe0 = 0.0; + TFloat my_stripe1 = 0.0; + TFloat my_stripe2 = 0.0; + TFloat my_stripe3 = 0.0; + + for (uint64_t emb=0; emb +static inline void WeightedVal8( + TFloat * const __restrict__ stripes, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + TFloat my_stripe0 = 0.0; + TFloat my_stripe1 = 0.0; + TFloat my_stripe2 = 0.0; + TFloat my_stripe3 = 0.0; + TFloat my_stripe4 = 0.0; + TFloat my_stripe5 = 0.0; + TFloat my_stripe6 = 0.0; + TFloat my_stripe7 = 0.0; + + for (uint64_t emb=0; emb +static inline void UnnormalizedWeighted1( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t k, + const uint64_t l1) { const bool allzero_k = zcheck[k]; const bool allzero_l1 = zcheck[l1]; @@ -82,36 +233,282 @@ // keep reads in the same place to maximize GPU warp performance my_stripe = sums[ridx]; - } else { // both sides non zero, use the explicit but slow approach - my_stripe = 0.0; + my_stripe = WeightedVal1(embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + k, l1); + } -#pragma acc loop seq - for (uint64_t emb=0; emb +static inline void UnnormalizedWeighted4( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + const uint32_t z_k = ((const uint32_t *)(zcheck+ks))[0]; + const uint32_t z_l = ((const uint32_t *)(zcheck+ls))[0]; + const bool allzero_k = z_k==0x01010101; + const bool allzero_l = z_l==0x01010101; + + // popcnt is cheap but has large latency, so compute speculatively/early + const int32_t cnt_k = popcnt_u32(z_k); + const int32_t cnt_l = popcnt_u32(z_l); - my_stripe += fabs(diff1) * length; - } // for emb + if (allzero_k && allzero_l) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else if (allzero_k || allzero_l) { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + if (allzero_k) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 + const TFloat sum_l0 = sums[ls]; + const TFloat sum_l1 = sums[ls+1]; + const TFloat sum_l2 = sums[ls+2]; + const TFloat sum_l3 = sums[ls+3]; + dm_stripe[ks] += sum_l0; + dm_stripe[ks+1] += sum_l1; + dm_stripe[ks+2] += sum_l2; + dm_stripe[ks+3] += sum_l3; + } else { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 + const TFloat sum_k0 = sums[ks]; + const TFloat sum_k1 = sums[ks+1]; + const TFloat sum_k2 = sums[ks+2]; + const TFloat sum_k3 = sums[ks+3]; + dm_stripe[ks] += sum_k0; + dm_stripe[ks+1] += sum_k1; + dm_stripe[ks+2] += sum_k2; + dm_stripe[ks+3] += sum_k3; } + } else if ((cnt_k<3) && (cnt_l<3)) { + // several of the elemens are nonzero, may as well use the vectorized version + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; - const uint64_t idx = (stripe-start_idx)*n_samples_r; + WeightedVal4(dm_stripe, + embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + ks, ls); + } else { + // only a few have both sides partially non zero, use the fine grained compute + for (uint64_t i=0; i<4; i++) { + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks+i, ls+i); + } + } // (allzero_k && allzero_l) +} + +template +static inline void UnnormalizedWeighted8( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + const uint64_t z_k = ((const uint64_t *)(zcheck+ks))[0]; + const uint64_t z_l = ((const uint64_t *)(zcheck+ls))[0]; + const bool allzero_k = z_k==0x0101010101010101; + const bool allzero_l = z_l==0x0101010101010101; + + // popcnt is cheap but has large latency, so compute speculatively/early + const int64_t cnt_k = popcnt_u64(z_k); + const int64_t cnt_l = popcnt_u64(z_l); + + if (allzero_k && allzero_l) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else if (allzero_k || allzero_l) { TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; - // keep all writes in a single place, to maximize GPU warp performance - dm_stripe[k] += my_stripe; - } + if (allzero_k) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 + const TFloat sum_l0 = sums[ls]; + const TFloat sum_l1 = sums[ls+1]; + const TFloat sum_l2 = sums[ls+2]; + const TFloat sum_l3 = sums[ls+3]; + const TFloat sum_l4 = sums[ls+4]; + const TFloat sum_l5 = sums[ls+5]; + const TFloat sum_l6 = sums[ls+6]; + const TFloat sum_l7 = sums[ls+7]; + dm_stripe[ks] += sum_l0; + dm_stripe[ks+1] += sum_l1; + dm_stripe[ks+2] += sum_l2; + dm_stripe[ks+3] += sum_l3; + dm_stripe[ks+4] += sum_l4; + dm_stripe[ks+5] += sum_l5; + dm_stripe[ks+6] += sum_l6; + dm_stripe[ks+7] += sum_l7; + } else { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 + const TFloat sum_k0 = sums[ks]; + const TFloat sum_k1 = sums[ks+1]; + const TFloat sum_k2 = sums[ks+2]; + const TFloat sum_k3 = sums[ks+3]; + const TFloat sum_k4 = sums[ks+4]; + const TFloat sum_k5 = sums[ks+5]; + const TFloat sum_k6 = sums[ks+6]; + const TFloat sum_k7 = sums[ks+7]; + dm_stripe[ks] += sum_k0; + dm_stripe[ks+1] += sum_k1; + dm_stripe[ks+2] += sum_k2; + dm_stripe[ks+3] += sum_k3; + dm_stripe[ks+4] += sum_k4; + dm_stripe[ks+5] += sum_k5; + dm_stripe[ks+6] += sum_k6; + dm_stripe[ks+7] += sum_k7; + } + } else if ((cnt_k<6) && (cnt_l<6)) { + // several of the elemens are nonzero, may as well use the vectorized version + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + + WeightedVal8(dm_stripe, + embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + ks, ls); + } else { + // only a few have both sides partially non zero, use the fine grained compute + for (uint64_t i=0; i<8; i++) { + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks+i, ls+i); + } + } // (allzero_k && allzero_l) +} +#endif + +template +void SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::_run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ lengths) { + const uint64_t start_idx = this->task_p->start; + const uint64_t stop_idx = this->task_p->stop; + const uint64_t n_samples = this->task_p->n_samples; + const uint64_t n_samples_r = this->dm_stripes.n_samples_r; + + // openacc only works well with local variables + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions = this->embedded_proportions; + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf = this->dm_stripes.buf; + + bool * const __restrict__ zcheck = this->zcheck; + TFloat * const __restrict__ sums = this->sums; + + const uint64_t step_size = SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::step_size; + const uint64_t sample_steps = (n_samples+(step_size-1))/step_size; // round up + + // check for zero values and pre-compute single column sums + WeightedZerosAndSums(zcheck, sums, + embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples, n_samples_r); + + // now do the real compute +#ifdef _OPENACC + const unsigned int acc_vector_size = SUCMP_NM::UnifracUnnormalizedWeightedTask::acc_vector_size; +#pragma acc parallel loop gang vector collapse(3) vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,lengths,zcheck,sums) async + for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { + for(uint64_t stripe = start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { + // SIMT-based GPU work great one at a time (HW will deal with parallelism) + for(uint64_t ik = 0; ik < step_size ; ik++) { + const uint64_t k = sk*step_size + ik; + + if (k>=n_samples) continue; // past the limit + + const uint64_t l1 = (k + stripe + 1)%n_samples; // wraparound + const uint64_t idx = (stripe-start_idx) * n_samples_r; + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + k, l1); } // for ik } // for stripe } // for sk +#else + // tilling helps with better cache reuse without the need of multiple cores + const uint64_t stripe_steps = ((stop_idx-start_idx)+(step_size-1))/step_size; // round up + + // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop + // Use a moderate block to prevent trashing but still have some cache reuse +#pragma omp parallel for collapse(2) schedule(dynamic,step_size) default(shared) + for(uint64_t ss = 0; ss < stripe_steps ; ss++) { + for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { + // tile to maximize cache reuse + for(uint64_t is = 0; is < step_size ; is++) { + const uint64_t stripe = start_idx+ss*step_size + is; + if (stripe=8) ) { + UnnormalizedWeighted8( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ks+=8; + ls = (ls + 8)%n_samples; // wraparound + } // for ks+=8 + + while( ((ks+4) <= kmax) && ((n_samples-ls)>=4) ) { + UnnormalizedWeighted4( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ks+=4; + ls = (ls + 4)%n_samples; // wraparound + } // for ks+=4 + + // deal with any leftovers in serial way + for( ; ks < kmax; ks++ ) { + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ls = (ls + 1)%n_samples; // wraparound + } // for ks + + } // if stripe + } // for is + } // for sk + } // for ss +#endif #ifdef _OPENACC // next iteration will use the alternative space @@ -187,6 +584,276 @@ #endif } +// Single step in computing NormalizedWeighted Unifrac +template +static inline void NormalizedWeighted1( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t k, + const uint64_t l1) { + const bool allzero_k = zcheck[k]; + const bool allzero_l1 = zcheck[l1]; + + if (allzero_k && allzero_l1) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; + + const TFloat sum_k = sums[k]; + const TFloat sum_l = sums[l1]; + + // the totals can always use the distributed property + dm_stripe_total[k] += sum_k + sum_l; + + TFloat my_stripe; + + if (allzero_k || allzero_l1) { + // one side has all zeros + // we can use the distributed property, and use the pre-computed values + + my_stripe = (allzero_k) ? sum_l : // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 + sum_k; // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 + } else { + // both sides non zero, use the explicit but slow approach + my_stripe = WeightedVal1(embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + k, l1); + } + + // keep all writes in a single place, to maximize GPU warp performance + dm_stripe[k] += my_stripe; + } +} + +#ifndef _OPENACC +// Vectorized step in computing NormalizedWeighted Unifrac +template +static inline void NormalizedWeighted4( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + const uint32_t z_k = ((const uint32_t *)(zcheck+ks))[0]; + const uint32_t z_l = ((const uint32_t *)(zcheck+ls))[0]; + const bool allzero_k = z_k==0x01010101; + const bool allzero_l = z_l==0x01010101; + + if (allzero_k && allzero_l) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else { + const TFloat sum_k0 = sums[ks]; + const TFloat sum_k1 = sums[ks+1]; + const TFloat sum_k2 = sums[ks+2]; + const TFloat sum_k3 = sums[ks+3]; + const TFloat sum_l0 = sums[ls]; + const TFloat sum_l1 = sums[ls+1]; + const TFloat sum_l2 = sums[ls+2]; + const TFloat sum_l3 = sums[ls+3]; + + const TFloat sum_kl0 = sum_k0 + sum_l0; + const TFloat sum_kl1 = sum_k1 + sum_l1; + const TFloat sum_kl2 = sum_k2 + sum_l2; + const TFloat sum_kl3 = sum_k3 + sum_l3; + + int32_t cnt_k = 0; + int32_t cnt_l = 0; + + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + + if (allzero_k) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 + dm_stripe[ks] += sum_l0; + dm_stripe[ks+1] += sum_l1; + dm_stripe[ks+2] += sum_l2; + dm_stripe[ks+3] += sum_l3; + } else if (allzero_l) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 + dm_stripe[ks] += sum_k0; + dm_stripe[ks+1] += sum_k1; + dm_stripe[ks+2] += sum_k2; + dm_stripe[ks+3] += sum_k3; + } else { + // popcnt is cheap but has large latency, so compute early + cnt_k = popcnt_u32(z_k); + cnt_l = popcnt_u32(z_l); + } + + // the totals can always use the distributed property + { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; + dm_stripe_total[ks] += sum_kl0; + dm_stripe_total[ks+1] += sum_kl1; + dm_stripe_total[ks+2] += sum_kl2; + dm_stripe_total[ks+3] += sum_kl3; + } + + if (allzero_k||allzero_l) { + // already done + } else if ((cnt_k<3) && (cnt_l<3)) { + // several of the elemens are nonzero, may as well use the vectorized version + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + + WeightedVal4(dm_stripe, + embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + ks, ls); + } else { + // only a few have both sides partially non zero, use the fine grained compute + // Use UnnormalizedWeighted since we already computed dm_stripe_total + for (uint64_t i=0; i<4; i++) { + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks+i, ls+i); + } + } + } // (allzero_k && allzero_l) +} + +template +static inline void NormalizedWeighted8( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const TFloat * const __restrict__ embedded_proportions, + const TFloat * __restrict__ lengths, + const unsigned int filled_embs, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t ks, + const uint64_t ls) { + const uint64_t z_k = ((const uint64_t *)(zcheck+ks))[0]; + const uint64_t z_l = ((const uint64_t *)(zcheck+ls))[0]; + const bool allzero_k = z_k==0x0101010101010101; + const bool allzero_l = z_l==0x0101010101010101; + + if (allzero_k && allzero_l) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else { + const TFloat sum_k0 = sums[ks]; + const TFloat sum_k1 = sums[ks+1]; + const TFloat sum_k2 = sums[ks+2]; + const TFloat sum_k3 = sums[ks+3]; + const TFloat sum_k4 = sums[ks+4]; + const TFloat sum_k5 = sums[ks+5]; + const TFloat sum_k6 = sums[ks+6]; + const TFloat sum_k7 = sums[ks+7]; + const TFloat sum_l0 = sums[ls]; + const TFloat sum_l1 = sums[ls+1]; + const TFloat sum_l2 = sums[ls+2]; + const TFloat sum_l3 = sums[ls+3]; + const TFloat sum_l4 = sums[ls+4]; + const TFloat sum_l5 = sums[ls+5]; + const TFloat sum_l6 = sums[ls+6]; + const TFloat sum_l7 = sums[ls+7]; + + const TFloat sum_kl0 = sum_k0 + sum_l0; + const TFloat sum_kl1 = sum_k1 + sum_l1; + const TFloat sum_kl2 = sum_k2 + sum_l2; + const TFloat sum_kl3 = sum_k3 + sum_l3; + const TFloat sum_kl4 = sum_k4 + sum_l4; + const TFloat sum_kl5 = sum_k5 + sum_l5; + const TFloat sum_kl6 = sum_k6 + sum_l6; + const TFloat sum_kl7 = sum_k7 + sum_l7; + + int32_t cnt_k = 0; + int32_t cnt_l = 0; + + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + + if (allzero_k) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 + dm_stripe[ks] += sum_l0; + dm_stripe[ks+1] += sum_l1; + dm_stripe[ks+2] += sum_l2; + dm_stripe[ks+3] += sum_l3; + dm_stripe[ks+4] += sum_l4; + dm_stripe[ks+5] += sum_l5; + dm_stripe[ks+6] += sum_l6; + dm_stripe[ks+7] += sum_l7; + } else if (allzero_l) { + // one side has all zeros, use distributed property + // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 + dm_stripe[ks] += sum_k0; + dm_stripe[ks+1] += sum_k1; + dm_stripe[ks+2] += sum_k2; + dm_stripe[ks+3] += sum_k3; + dm_stripe[ks+4] += sum_k4; + dm_stripe[ks+5] += sum_k5; + dm_stripe[ks+6] += sum_k6; + dm_stripe[ks+7] += sum_k7; + } else { + // popcnt is cheap but has large latency, so compute early + cnt_k = popcnt_u64(z_k); + cnt_l = popcnt_u64(z_l); + } + + // the totals can always use the distributed property + { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; + dm_stripe_total[ks] += sum_kl0; + dm_stripe_total[ks+1] += sum_kl1; + dm_stripe_total[ks+2] += sum_kl2; + dm_stripe_total[ks+3] += sum_kl3; + dm_stripe_total[ks+4] += sum_kl4; + dm_stripe_total[ks+5] += sum_kl5; + dm_stripe_total[ks+6] += sum_kl6; + dm_stripe_total[ks+7] += sum_kl7; + } + + if (allzero_k||allzero_l) { + // already done + } else if ((cnt_k<6) && (cnt_l<6)) { + // several of the elemens are nonzero, may as well use the vectorized version + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + + WeightedVal8(dm_stripe, + embedded_proportions, lengths, + filled_embs, n_samples_r, + ks, ls); + } else { + // only a few have both sides partially non zero, use the fine grained compute + // Use UnnormalizedWeighted since we already computed dm_stripe_total + for (uint64_t i=0; i<8; i++) { + UnnormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks+i, ls+i); + } + } + } // (allzero_k && allzero_l) +} +#endif + template void SUCMP_NM::UnifracNormalizedWeightedTask::_run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ lengths) { const uint64_t start_idx = this->task_p->start; @@ -206,100 +873,88 @@ const uint64_t sample_steps = (n_samples+(step_size-1))/step_size; // round up // check for zero values and pre-compute single column sums -#ifdef _OPENACC -#pragma acc parallel loop present(embedded_proportions,lengths,zcheck,sums) -#else -#pragma omp parallel for default(shared) -#endif - for(uint64_t k=0; k::acc_vector_size; -#pragma acc parallel loop collapse(3) vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf,lengths,zcheck,sums) async -#else - // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop -#pragma omp parallel for schedule(dynamic,1) default(shared) -#endif +#pragma acc parallel loop gang vector collapse(3) vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf,lengths,zcheck,sums) async for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { for(uint64_t stripe = start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { + // SIMT-based GPU work great one at a time (HW will deal with parallelism) for(uint64_t ik = 0; ik < step_size ; ik++) { const uint64_t k = sk*step_size + ik; if (k>=n_samples) continue; // past the limit - const bool zcheck_k = zcheck[sk]; // due to loop collapse in ACC, must load in here - const uint64_t l1 = (k + stripe + 1)%n_samples; // wraparound + const uint64_t idx = (stripe-start_idx) * n_samples_r; - const bool allzero_k = zcheck[k]; - const bool allzero_l1 = zcheck[l1]; - - if (allzero_k && allzero_l1) { - // nothing to do, would have to add 0 - } else { - const uint64_t idx = (stripe-start_idx) * n_samples_r; - TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; - TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; - //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; - //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; - - // the totals can always use the distributed property - dm_stripe_total[k] += sums[k] + sums[l1]; - - TFloat my_stripe; - - if (allzero_k || allzero_l1) { - // one side has all zeros - // we can use the distributed property, and use the pre-computed values - - const uint64_t ridx = (allzero_k) ? l1 : // if (nonzero_l1) ridx=l1 // fabs(k-l1), with k==0 - k; // if (nonzero_k) ridx=k // fabs(k-l1), with l1==0 - - // keep reads in the same place to maximize GPU warp performance - my_stripe = sums[ridx]; - - } else { - // both sides non zero, use the explicit but slow approach - - my_stripe = 0.0; - -#pragma acc loop seq - for (uint64_t emb=0; emb( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + k, l1); } // for ik } // for stripe } // for sk +#else + // tilling helps with better cache reuse without the need of multiple cores + const uint64_t stripe_steps = ((stop_idx-start_idx)+(step_size-1))/step_size; // round up + + // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop + // Use a moderate block to prevent trashing but still have some cache reuse +#pragma omp parallel for collapse(2) schedule(dynamic,step_size) default(shared) + for(uint64_t ss = 0; ss < stripe_steps ; ss++) { + for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { + // tile to maximize cache reuse + for(uint64_t is = 0; is < step_size ; is++) { + const uint64_t stripe = start_idx+ss*step_size + is; + if (stripe=8) ) { + NormalizedWeighted8( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ks+=8; + ls = (ls + 8)%n_samples; // wraparound + } // for ks+=8 + + while( ((ks+4) <= kmax) && ((n_samples-ls)>=4) ) { + NormalizedWeighted4( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ks+=4; + ls = (ls + 4)%n_samples; // wraparound + } // for ks+=4 + + // deal with any leftovers in serial way + for( ; ks < kmax; ks++ ) { + NormalizedWeighted1( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, sums, embedded_proportions, lengths, + filled_embs,idx, n_samples_r, + ks, ls); + ls = (ls + 1)%n_samples; // wraparound + } // for ks + + } // if stripe + } // for is + } // for sk + } // for ss +#endif #ifdef _OPENACC // next iteration will use the alternative space @@ -535,6 +1190,320 @@ #endif } +// Single step in computing Unweighted Unifrac + +template +static inline void UnweightedOneSide( + bool * const __restrict__ zcheck, + TFloat * const __restrict__ stripe_sums, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const uint64_t * const __restrict__ embedded_proportions, + const unsigned int filled_embs_els_round, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t kl) { + bool all_zeros=true; + TFloat my_stripe = 0.0; + + for (uint64_t emb_el=0; emb_el> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(o1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(o1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(o1 >> 56))]; + my_stripe += esum; + } else if ((o1>>32)==0) { + // only low part relevant + //uint64_t x1 = u1 ^ v1; + // With one of the two being 0, xor is just the non-negative one + + // Use the pre-computed sums + // Each range of 8 lengths has already been pre-computed and stored in psum + // Since embedded_proportions packed format is in 64-bit format for performance reasons + // we need to add the 8 sums using the four 8-bits for addressing inside psum + + TFloat esum = psum[ (uint8_t)(o1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(o1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(o1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(o1 >> 24))]; + my_stripe += esum; + } else { +#else + // GPU/SIMT faster if we just go ahead will full at all times + { +#endif + //uint64_t x1 = u1 ^ v1; + // With one of the two being 0, xor is just the non-negative one + + // Use the pre-computed sums + // Each range of 8 lengths has already been pre-computed and stored in psum + // Since embedded_proportions packed format is in 64-bit format for performance reasons + // we need to add the 8 sums using the four 8-bits for addressing inside psum + + TFloat esum = psum[ (uint8_t)(o1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(o1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(o1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(o1 >> 24))] + + psum[0x400+((uint8_t)(o1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(o1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(o1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(o1 >> 56))]; + my_stripe += esum; + } + } + } + + zcheck[kl] = all_zeros; + stripe_sums[kl] = my_stripe; + +} + +#ifdef _OPENACC + +template +static inline void Unweighted1( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ stripe_sums, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const uint64_t * const __restrict__ embedded_proportions, + const unsigned int filled_embs_els_round, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t k, + const uint64_t l1) { + const bool allzero_k = zcheck[k]; + const bool allzero_l1 = zcheck[l1]; + + if (allzero_k && allzero_l1) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; + + bool did_update = false; + TFloat my_stripe = 0.0; + TFloat my_stripe_total = 0.0; + + if (allzero_k || allzero_l1) { + // with one side zero, | and ^ are no-ops + const uint64_t kl = (allzero_k) ? l1 : k; // only use the non-sero onea + my_stripe = stripe_sums[kl]; + did_update = (my_stripe!=0.0); + my_stripe_total = my_stripe; + } else { + // we need both sides + for (uint64_t emb_el=0; emb_el> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(o1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(o1 >> 24))] + + psum[0x400+((uint8_t)(o1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(o1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(o1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(o1 >> 56))]; + my_stripe += psum[ (uint8_t)(x1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(x1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(x1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(x1 >> 24))] + + psum[0x400+((uint8_t)(x1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(x1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(x1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(x1 >> 56))]; + } + } + } + + if (did_update) { + dm_stripe[k] += my_stripe; + dm_stripe_total[k] += my_stripe_total; + } + } // (allzero_k && allzero_l1) + +} +#else + +template +static inline void Unweighted1( + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_buf, + TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf, + const bool * const __restrict__ zcheck, + const TFloat * const __restrict__ stripe_sums, + const TFloat * const __restrict__ sums, + const uint64_t * const __restrict__ embedded_proportions, + const unsigned int filled_embs_els_round, + const uint64_t idx, + const uint64_t n_samples_r, + const uint64_t k, + const uint64_t l1) { + const bool allzero_k = zcheck[k]; + const bool allzero_l1 = zcheck[l1]; + + if (allzero_k && allzero_l1) { + // nothing to do, would have to add 0 + } else { + TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; + TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; + //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; + //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; + + bool did_update = false; + TFloat my_stripe = 0.0; + TFloat my_stripe_total = 0.0; + + if (allzero_k || allzero_l1) { + // with one side zero, | and ^ are no-ops + const uint64_t kl = (allzero_k) ? l1 : k; // only use the non-sero onea + my_stripe = stripe_sums[kl]; + my_stripe_total = my_stripe; + did_update = (my_stripe!=0.0); + } else { + // we need both sides + for (uint64_t emb_el=0; emb_el> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(o1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(o1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(o1 >> 56))]; + my_stripe += psum[0x400+((uint8_t)(x1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(x1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(x1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(x1 >> 56))]; + } else if ((o1>>32)==0) { + // only low part relevant + did_update=true; + + // Use the pre-computed sums + // Each range of 8 lengths has already been pre-computed and stored in psum + // Since embedded_proportions packed format is in 64-bit format for performance reasons + // we need to add the 8 sums using the four 8-bits for addressing inside psum + + my_stripe_total += psum[ (uint8_t)(o1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(o1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(o1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(o1 >> 24))]; + my_stripe += psum[ (uint8_t)(x1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(x1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(x1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(x1 >> 24))]; + + } else { + did_update=true; + + // Use the pre-computed sums + // Each range of 8 lengths has already been pre-computed and stored in psum + // Since embedded_proportions packed format is in 64-bit format for performance reasons + // we need to add the 8 sums using the four 8-bits for addressing inside psum + + my_stripe_total += psum[ (uint8_t)(o1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(o1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(o1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(o1 >> 24))] + + psum[0x400+((uint8_t)(o1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(o1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(o1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(o1 >> 56))]; + my_stripe += psum[ (uint8_t)(x1) ] + + psum[0x100+((uint8_t)(x1 >> 8))] + + psum[0x200+((uint8_t)(x1 >> 16))] + + psum[0x300+((uint8_t)(x1 >> 24))] + + psum[0x400+((uint8_t)(x1 >> 32))] + + psum[0x500+((uint8_t)(x1 >> 40))] + + psum[0x600+((uint8_t)(x1 >> 48))] + + psum[0x700+((uint8_t)(x1 >> 56))]; + } + } + } // (allzero_k || allzero_l1) + + if (did_update) { + dm_stripe[k] += my_stripe; + dm_stripe_total[k] += my_stripe_total; + } + } // (allzero_k && allzero_l1) + +} +#endif + +// check for zero values +template +static inline void UnweightedZerosAndSums( + bool * const __restrict__ zcheck, + TFloat * const __restrict__ stripe_sums, + const TFloat * const __restrict__ el_sums, + const T * const __restrict__ embedded_proportions, + const unsigned int filled_embs_els_round, + const uint64_t n_samples, + const uint64_t n_samples_r) { +#ifdef _OPENACC +#pragma acc parallel loop gang vector present(embedded_proportions,zcheck,el_sums,stripe_sums) +#else +#pragma omp parallel for default(shared) +#endif + for(uint64_t k=0; k void SUCMP_NM::UnifracUnweightedTask::_run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ lengths) { const uint64_t start_idx = this->task_p->start; @@ -548,6 +1517,8 @@ TFloat * const __restrict__ dm_stripes_total_buf = this->dm_stripes_total.buf; TFloat * const __restrict__ sums = this->sums; + bool * const __restrict__ zcheck = this->zcheck; + TFloat * const __restrict__ stripe_sums = this->stripe_sums; const uint64_t step_size = SUCMP_NM::UnifracUnweightedTask::step_size; const uint64_t sample_steps = (n_samples+(step_size-1))/step_size; // round up @@ -557,7 +1528,6 @@ const uint64_t filled_embs_els_round = (filled_embs+63)/64; - // pre-compute sums of length elements, since they are likely to be accessed many times // We will use a 8-bit map, to keep it small enough to keep in L1 cache #ifdef _OPENACC @@ -613,79 +1583,68 @@ } } +#pragma acc wait + // check for zero values and compute stripe sums + UnweightedZerosAndSums(zcheck, stripe_sums, + sums, embedded_proportions, + filled_embs_els_round, n_samples, n_samples_r); + // point of thread #ifdef _OPENACC -#pragma acc wait const unsigned int acc_vector_size = SUCMP_NM::UnifracUnweightedTask::acc_vector_size; -#pragma acc parallel loop collapse(3) vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf,sums) async -#else - // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop -#pragma omp parallel for schedule(dynamic,1) default(shared) -#endif +#pragma acc parallel loop collapse(3) gang vector vector_length(acc_vector_size) present(embedded_proportions,dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf,sums,zcheck,stripe_sums) async for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { for(uint64_t stripe = start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { for(uint64_t ik = 0; ik < step_size ; ik++) { const uint64_t k = sk*step_size + ik; const uint64_t idx = (stripe-start_idx) * n_samples_r; - TFloat * const __restrict__ dm_stripe = dm_stripes_buf+idx; - TFloat * const __restrict__ dm_stripe_total = dm_stripes_total_buf+idx; - //TFloat *dm_stripe = dm_stripes[stripe]; - //TFloat *dm_stripe_total = dm_stripes_total[stripe]; if (k>=n_samples) continue; // past the limit const uint64_t l1 = (k + stripe + 1)%n_samples; // wraparound - bool did_update = false; - TFloat my_stripe = 0.0; - TFloat my_stripe_total = 0.0; - -#pragma acc loop seq - for (uint64_t emb_el=0; emb_el> 8) & 0xff)] + - psum[0x200+((x1 >> 16) & 0xff)] + - psum[0x300+((x1 >> 24) & 0xff)] + - psum[0x400+((x1 >> 32) & 0xff)] + - psum[0x500+((x1 >> 40) & 0xff)] + - psum[0x600+((x1 >> 48) & 0xff)] + - psum[0x700+((x1 >> 56) )]; - my_stripe_total += psum[ (o1 & 0xff)] + - psum[0x100+((o1 >> 8) & 0xff)] + - psum[0x200+((o1 >> 16) & 0xff)] + - psum[0x300+((o1 >> 24) & 0xff)] + - psum[0x400+((o1 >> 32) & 0xff)] + - psum[0x500+((o1 >> 40) & 0xff)] + - psum[0x600+((o1 >> 48) & 0xff)] + - psum[0x700+((o1 >> 56) )]; - } - } - - if (did_update) { - dm_stripe[k] += my_stripe; - dm_stripe_total[k] += my_stripe_total; - } - + Unweighted1( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, stripe_sums, + sums, embedded_proportions, + filled_embs_els_round,idx, n_samples_r, + k, l1); } } } +#else + // tilling helps with better cache reuse without the need of multiple cores + const uint64_t stripe_steps = ((stop_idx-start_idx)+(step_size-1))/step_size; // round up + + // use dynamic scheduling due to non-homogeneity in the loop + // Use a moderate block to prevent trashing but still have some cache reuse +#pragma omp parallel for collapse(2) schedule(dynamic,step_size) default(shared) + for(uint64_t ss = 0; ss < stripe_steps ; ss++) { + for(uint64_t sk = 0; sk < sample_steps ; sk++) { + // tile to maximize cache reuse + for(uint64_t is = 0; is < step_size ; is++) { + const uint64_t stripe = start_idx+ss*step_size + is; + if (stripe( + dm_stripes_buf,dm_stripes_total_buf, + zcheck, stripe_sums, + sums, embedded_proportions, + filled_embs_els_round,idx, n_samples_r, + k, l1); + } // if k + } // for ik + } // if stripe + } // for is + } // for sk + } // for ss +#endif #ifdef _OPENACC // next iteration will use the alternative space diff -Nru unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_task.hpp unifrac-tools-1.2/src/unifrac_task.hpp --- unifrac-tools-1.1.1/src/unifrac_task.hpp 2022-03-28 22:50:40.000000000 +0000 +++ unifrac-tools-1.2/src/unifrac_task.hpp 2022-12-12 19:04:44.000000000 +0000 @@ -53,22 +53,23 @@ public: const unsigned int start_idx; + const unsigned int stop_idx; const unsigned int n_samples; const uint64_t n_samples_r; TFloat* const buf; UnifracTaskVector(std::vector &_dm_stripes, const su::task_parameters* _task_p) : dm_stripes(_dm_stripes), task_p(_task_p) - , start_idx(task_p->start), n_samples(task_p->n_samples) + , start_idx(task_p->start), stop_idx(task_p->stop), n_samples(task_p->n_samples) , n_samples_r(((n_samples + UNIFRAC_BLOCK-1)/UNIFRAC_BLOCK)*UNIFRAC_BLOCK) // round up - , buf((dm_stripes[start_idx]==NULL) ? NULL : new TFloat[n_samples_r*(task_p->stop-start_idx)]) // dm_stripes could be null, in which case keep it null + , buf((dm_stripes[start_idx]==NULL) ? NULL : new TFloat[n_samples_r*(stop_idx-start_idx)]) // dm_stripes could be null, in which case keep it null { TFloat* const ibuf = buf; if (ibuf != NULL) { #ifdef _OPENACC - const uint64_t bufels = n_samples_r * (task_p->stop-start_idx); + const uint64_t bufels = n_samples_r * (stop_idx-start_idx); #endif - for(unsigned int stripe=start_idx; stripe < task_p->stop; stripe++) { + for(unsigned int stripe=start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { double * dm_stripe = dm_stripes[stripe]; TFloat * buf_stripe = this->operator[](stripe); for(unsigned int j=0; j(const UnifracTaskVector& ) = delete; + UnifracTaskVector& operator= (const UnifracTaskVector&) = delete; + TFloat * operator[](unsigned int idx) { return buf+((idx-start_idx)*n_samples_r);} const TFloat * operator[](unsigned int idx) const { return buf+((idx-start_idx)*n_samples_r);} @@ -95,10 +99,10 @@ TFloat* const ibuf = buf; if (ibuf != NULL) { #ifdef _OPENACC - const uint64_t bufels = n_samples_r * (task_p->stop-start_idx); + const uint64_t bufels = n_samples_r * (stop_idx-start_idx); #pragma acc exit data copyout(ibuf[:bufels]) #endif - for(unsigned int stripe=start_idx; stripe < task_p->stop; stripe++) { + for(unsigned int stripe=start_idx; stripe < stop_idx; stripe++) { double * dm_stripe = dm_stripes[stripe]; TFloat * buf_stripe = this->operator[](stripe); for(unsigned int j=0; j(const UnifracTaskBase& ) = delete; + UnifracTaskBase& operator= (const UnifracTaskBase&) = delete; + virtual ~UnifracTaskBase() { #ifdef _OPENACC @@ -297,9 +304,8 @@ template class UnifracTask : public UnifracTaskBase { protected: - // Use one cache line on CPU - // On GPU, shaing a cache line is actually a good thing - static const unsigned int step_size = 16*4/sizeof(TFloat); + // Use a moderate sized step, a few cache lines + static const unsigned int step_size = 64*4/sizeof(TFloat); #ifdef _OPENACC // Use as big vector size as we can, to maximize cache line reuse @@ -317,6 +323,8 @@ , embedded_proportions(_embedded_proportions), max_embs(_max_embs) {} */ + UnifracTask(const UnifracTask& ) = delete; + UnifracTask& operator= (const UnifracTask&) = delete; virtual ~UnifracTask() {} @@ -347,6 +355,9 @@ #pragma acc enter data create(zcheck[:n_samples],sums[:n_samples]) } + UnifracUnnormalizedWeightedTask(const UnifracUnnormalizedWeightedTask& ) = delete; + UnifracUnnormalizedWeightedTask& operator= (const UnifracUnnormalizedWeightedTask&) = delete; + virtual ~UnifracUnnormalizedWeightedTask() { #ifdef _OPENACC @@ -382,6 +393,9 @@ #pragma acc enter data create(zcheck[:n_samples],sums[:n_samples]) } + UnifracNormalizedWeightedTask(const UnifracNormalizedWeightedTask& ) = delete; + UnifracNormalizedWeightedTask& operator= (const UnifracNormalizedWeightedTask&) = delete; + virtual ~UnifracNormalizedWeightedTask() { #ifdef _OPENACC @@ -403,32 +417,48 @@ template class UnifracUnweightedTask : public UnifracTask { public: + static const unsigned int step_size = 64*4/sizeof(TFloat); + static const unsigned int RECOMMENDED_MAX_EMBS = UnifracTask::RECOMMENDED_MAX_EMBS_BOOL; // Note: _max_emb MUST be multiple of 64 UnifracUnweightedTask(std::vector &_dm_stripes, std::vector &_dm_stripes_total, unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_max_embs,_task_p) { + const unsigned int n_samples = this->task_p->n_samples; const unsigned int bsize = _max_embs*(0x400/32); + zcheck = NULL; + stripe_sums = NULL; sums = NULL; + posix_memalign((void **)&zcheck, 4096, sizeof(bool) * n_samples); + posix_memalign((void **)&stripe_sums, 4096, sizeof(TFloat) * n_samples); posix_memalign((void **)&sums, 4096, sizeof(TFloat) * bsize); -#pragma acc enter data create(sums[:bsize]) +#pragma acc enter data create(zcheck[:n_samples],stripe_sums[:n_samples],sums[:bsize]) } + UnifracUnweightedTask(const UnifracUnweightedTask& ) = delete; + UnifracUnweightedTask& operator= (const UnifracUnweightedTask&) = delete; + virtual ~UnifracUnweightedTask() { #ifdef _OPENACC - const unsigned int bsize = this->max_embs*(0x400/32); -#pragma acc exit data delete(sums[:bsize]) + const unsigned int n_samples = this->task_p->n_samples; + const unsigned int bsize = this->max_embs*(0x400/32); +#pragma acc exit data delete(sums[:bsize],stripe_sums[:n_samples],zcheck[:n_samples]) #endif free(sums); + free(stripe_sums); + free(zcheck); } virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length); private: - TFloat *sums; // temp buffer + // temp buffers + TFloat *sums; + bool *zcheck; + TFloat *stripe_sums; }; template class UnifracGeneralizedTask : public UnifracTask { @@ -438,6 +468,9 @@ UnifracGeneralizedTask(std::vector &_dm_stripes, std::vector &_dm_stripes_total, unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_max_embs,_task_p) {} + UnifracGeneralizedTask(const UnifracGeneralizedTask& ) = delete; + UnifracGeneralizedTask& operator= (const UnifracGeneralizedTask&) = delete; + virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length); @@ -504,6 +537,8 @@ , embedded_proportions(_embedded_proportions), embedded_counts(initialize_embedded()), sample_total_counts(_sample_total_counts), max_embs(_max_embs) {} */ + UnifracVawTask(const UnifracVawTask& ) = delete; + UnifracVawTask& operator= (const UnifracVawTask&) = delete; virtual ~UnifracVawTask() { @@ -542,6 +577,9 @@ unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracVawTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_sample_total_counts,_max_embs,_task_p) {} + UnifracVawUnnormalizedWeightedTask(const UnifracVawUnnormalizedWeightedTask& ) = delete; + UnifracVawUnnormalizedWeightedTask& operator= (const UnifracVawUnnormalizedWeightedTask&) = delete; + virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length); @@ -554,6 +592,9 @@ unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracVawTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_sample_total_counts,_max_embs,_task_p) {} + UnifracVawNormalizedWeightedTask(const UnifracVawNormalizedWeightedTask& ) = delete; + UnifracVawNormalizedWeightedTask& operator= (const UnifracVawNormalizedWeightedTask&) = delete; + virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length); @@ -566,6 +607,9 @@ unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracVawTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_sample_total_counts,_max_embs,_task_p) {} + UnifracVawUnweightedTask(const UnifracVawUnweightedTask& ) = delete; + UnifracVawUnweightedTask& operator= (const UnifracVawUnweightedTask&) = delete; + virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length); @@ -578,6 +622,9 @@ unsigned int _max_embs, const su::task_parameters* _task_p) : UnifracVawTask(_dm_stripes,_dm_stripes_total,_sample_total_counts,_max_embs,_task_p) {} + UnifracVawGeneralizedTask(const UnifracVawGeneralizedTask& ) = delete; + UnifracVawGeneralizedTask& operator= (const UnifracVawGeneralizedTask&) = delete; + virtual void run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length) {_run(filled_embs, length);} void _run(unsigned int filled_embs, const TFloat * __restrict__ length);