diff -Nru treeplot-0.7.3/CMakeLists.txt treeplot-0.7.4/CMakeLists.txt
--- treeplot-0.7.3/CMakeLists.txt	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/CMakeLists.txt	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -8,12 +8,12 @@
 SET(CPACK_INSTALL_CMAKE_PROJECTS "/home/olivier/eclipse/treeplot;treeplot;ALL;/")
 # cpack -G TGZ --config CPackSourceConfig.cmake
 
-set(VERSION 0.7.3)
+set(VERSION 0.7.4)
 
 # CPack version numbers for release tarball name.
 set(CPACK_PACKAGE_VERSION_MAJOR 0)
 set(CPACK_PACKAGE_VERSION_MINOR 7)
-set(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH 3)
+set(CPACK_PACKAGE_VERSION_PATCH 4)
 
 set(CPACK_PACKAGE_DESCRIPTION_SUMMARY "Plotting phylogenetic trees")
 set(CPACK_PACKAGE_VENDOR "Tryphonar corp")
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/debian/changelog /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/debian/changelog
--- treeplot-0.7.3/debian/changelog	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/debian/changelog	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -1,3 +1,9 @@
+treeplot (0.7.4-1) intrepid; urgency=low
+
+  * fix compilation error on amd64 architecture
+
+ --  Olivier Langella <Olivier.Langella@moulon.inra.fr>  Wed, 26 Nov 2008 11:18:51 +0200
+
 treeplot (0.7.3-1) intrepid; urgency=low
 
   * fix compilation error with newest gcc
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/debian/control /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/debian/control
--- treeplot-0.7.3/debian/control	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/debian/control	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -7,7 +7,7 @@
 Uploaders: Charles Plessy <plessy@debian.org>,
  Vincent Danjean <vdanjean.ml@free.fr>,
  Olivier Langella <Olivier.Langella@moulon.inra.fr>
-Standards-Version: 0.7.3
+Standards-Version: 0.7.4
 Build-Depends: debhelper (>= 5), libplot-dev (>= 2.4), cmake (>= 2)
 
 Package: treeplot
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/src/applications.h /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/src/applications.h
--- treeplot-0.7.3/src/applications.h	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/src/applications.h	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -23,6 +23,8 @@
 
 using namespace std;
 
+using namespace biolib::vecteurs;
+
 class Application {
 public:
 
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/src/appltreeplot.h /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/src/appltreeplot.h
--- treeplot-0.7.3/src/appltreeplot.h	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/src/appltreeplot.h	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -22,7 +22,7 @@
 //#include "phylogramtreeplotter.h"
 #include "treeplotter.h"
 
-#define version_treeplot "0.7.3"
+#define version_treeplot "0.7.4"
 
 /**Application Treeplotter
   *@author Olivier Langella
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/src/arbre.h /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/src/arbre.h
--- treeplot-0.7.3/src/arbre.h	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/src/arbre.h	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -36,6 +36,7 @@
 #include "matrices.h"
 
 using namespace std;
+using namespace biolib::vecteurs;
 
 class ArbreVectUINT:public vector<unsigned int>  {
 public:
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/src/matrices.cpp /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/src/matrices.cpp
--- treeplot-0.7.3/src/matrices.cpp	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/src/matrices.cpp	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -15,16 +15,12 @@
  *                                                                         *
  ***************************************************************************/
 
-#include <iostream>
-#include <sstream>
-#include <fstream>
-#include <cstdlib>
-#include <string>
-#include <vector>
-using namespace std;
 
 #include"matrices.h"
 
+namespace biolib {
+namespace vecteurs {
+
 //template<class T> int Matrice<T>::_oformat = 1; //Format de sortie: par d�faut
 
 
@@ -97,18 +93,18 @@
 	case 1: //rectangulaire normale
 		_type = type;
 		break;
-	case 2: //matrice triangulaire
+	case 2: //matrice triangulaire (distances)
 		if (_nc == _nl) {
 			unsigned long i,j;
 			for (i = 0; i < _nc; i++) {
 				for (j = 0; j < i; j++) {
-					if (GetCase(i,j) != GetCase(j,i)) return;// throw Matrice<T>::Anomalie(5);
+					if (GetCase(i,j) != GetCase(j,i)) throw typename  biolib::vecteurs::Matrice<T>::Anomalie(5);
 				}
 			}
 			_type = type;
 		}
 		else {
-//			throw Matrice<T>::Anomalie(5); //Echec de conversion
+			throw typename  biolib::vecteurs::Matrice<T>::Anomalie(5); //Echec de conversion
 		}
 		break;
 	default:
@@ -166,9 +162,9 @@
 
 template<class T> void Matrice<T>::oExcel(ostream& fichier){
 	unsigned long i,j;
-	
-//	fichier.setf(ios::scientific);
 
+//	fichier.setf(ios::scientific);
+    //fichier << "coucou";
 	// �criture du titre
 	for (i=0; i < _titre.size();i++) {
 		fichier << _titre[i];
@@ -182,7 +178,7 @@
 		for (i=1; i<_nc; i++) fichier << '\t' << _tcol[i];
 	}
 	fichier << endl;
-	
+
 	//�criture de la matrice
 	for (i=0; i<_nl; i++) {
 		if ((_flag == 1)||(_flag == 3)){
@@ -199,6 +195,114 @@
 
 }
 
+template<class T> void Matrice<T>::oGnumeric(ostream& fichier){
+	fichier << "<?xml version=\"1.0\"?>";
+	fichier << "<gmr:Workbook xmlns:gmr=\"http://www.gnumeric.org/v10.dtd\" xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\" xsi:schemaLocation=\"http://www.gnumeric.org/v8.xsd\">"<< endl;
+	fichier << "<gmr:Attributes>"<< endl;
+	fichier << "   <gmr:Attribute>"<< endl;
+      fichier << "<gmr:name>WorkbookView::show_horizontal_scrollbar</gmr:name>"<< endl;
+     fichier << " <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:name>WorkbookView::show_vertical_scrollbar</gmr:name>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>WorkbookView::show_notebook_tabs</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>WorkbookView::do_auto_completion</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+ fichier << " </gmr:Attributes>"<< endl;
+ fichier << " <gmr:Summary>"<< endl;
+  fichier << "  <gmr:Item>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:name>biology softwares</gmr:name>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:val-string>http://www.pge.cnrs-gif.fr/bioinfo</gmr:val-string>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Item>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Item>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>author</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:val-string>Olivier Langella, Olivier.Langella@pge.cnrs-gif.fr</gmr:val-string>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Item>"<< endl;
+  fichier << "</gmr:Summary>"<< endl;
+  fichier << "<gmr:SheetNameIndex>"<< endl;
+  fichier << "  <gmr:SheetName>Matrix 1</gmr:SheetName>"<< endl;
+  fichier << "</gmr:SheetNameIndex> "<< endl;
+ fichier << "<gmr:Sheets>	 "<< endl;
+//	fichier.setf(ios::scientific);
+
+	oGnumericSheet(fichier, "Matrix 1") ;
+
+  fichier << " </gmr:Sheets> "<< endl;
+	fichier << "</gmr:Workbook> "<< endl;
+
+}
+
+template<class T> void Matrice<T>::oGnumericSheet(ostream& fichier, const string & sheetname) const{
+	unsigned long i,j, irow(0), jcol(0);
+ 	const string value_format("0.000000");
+
+// 	fichier.imbue();
+
+	fichier << "<gmr:Sheet ";
+	fichier << "DisplayFormulas=\"false\" HideZero=\"false\" HideGrid=\"false\" HideColHeader=\"false\" HideRowHeader=\"false\" DisplayOutlines=\"true\" OutlineSymbolsBelow=\"true\" OutlineSymbolsRight=\"true\">" << endl;
+	fichier << "<gmr:Name>" << sheetname << "</gmr:Name>"<< endl;
+	fichier << "<gmr:MaxCol>" << (GetNC() + 2) << "</gmr:MaxCol>"<< endl;
+	fichier << "<gmr:MaxRow>" << (GetNL() + 5 + _titre.size()) << "</gmr:MaxRow>"<< endl;
+	fichier << "<gmr:Zoom>1.000000</gmr:Zoom>"<< endl;
+	fichier << "<gmr:Names/>"<< endl;
+
+	fichier << "<gmr:Cells>"<< endl;
+  	// �criture du titre
+	for (i=0; i < _titre.size();i++, irow++) {
+		fichier << "<gmr:Cell Col=\"0\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"60\">";
+		fichier << _titre[i];
+  	fichier << "</gmr:Cell>" << endl;
+	}
+	fichier << "<gmr:Cell Col=\"0\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"60\">#</gmr:Cell>";
+	if ((_flag == 2)||(_flag == 3)){
+		//�tiquettes des colonnes
+  	jcol = 1;
+		fichier << "<gmr:Cell Col=\"" << jcol << "\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"60\">";
+		fichier << _tcol[0];
+  	fichier << "</gmr:Cell>" << endl;
+		jcol++;
+		for (i=1; i<_nc; i++,jcol++) {
+			fichier << "<gmr:Cell Col=\"" << jcol << "\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"60\">";
+			fichier << _tcol[i];
+  		fichier << "</gmr:Cell>" << endl;
+    }
+	}
+	irow++;
+
+ 	//fichier.setf(ios::scientific);
+	//�criture de la matrice
+	for (i=0; i<_nl; i++, irow++) {
+		if ((_flag == 1)||(_flag == 3)){
+			//�tiquettes des lignes
+			fichier << "<gmr:Cell Col=\"0\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"60\">";
+			fichier << _tlig[i];
+  		fichier << "</gmr:Cell>" << endl;
+		}
+		jcol = 1;
+		for (j=0; j<_nc; j++,jcol++) {
+//			fichier << '\t' << _tab [i * _nc + j];
+			fichier << "<gmr:Cell Col=\"" << jcol << "\" Row=\"" << irow << "\" ValueType=\"40\" ValueFormat=\"" << value_format <<"\">";
+			fichier << GetCase(i,j);
+  		fichier << "</gmr:Cell>" << endl;
+		}
+		fichier << endl;
+	}
+	fichier << "</gmr:Cells>" << endl;
+  fichier << " </gmr:Sheet> "<< endl;
+
+}
+
 template<class T> void Matrice<T>::oNtsys(ostream& sortie){
 	unsigned long i,j, k, tmaxligne(100);
 	long pos ;
@@ -207,7 +311,7 @@
 
 	// �criture du titre
 	for (i=0; i < _titre.size();i++) {
-		sortie << '"';
+		sortie << "\"";
 		sortie << _titre[i];
 		sortie << endl;
 	}
@@ -250,7 +354,7 @@
 		}
 		sortie << endl;
 	}
-	
+
 	//�criture de la matrice
 	switch (_type) {
 		case 2:
@@ -301,7 +405,7 @@
 	unsigned long taille(_nc * _nl);
 	unsigned long j;
 	T ppvaleur(_tab[0]);
-	
+
 
 	for (j=1; j < taille; j++) if (_tab[j] < ppvaleur) ppvaleur = _tab[j];
 	return (ppvaleur);
@@ -315,6 +419,31 @@
 	for (j=0; j < taille; j++) if (_tab[j] < 0) _tab[j] = 0;
 }
 
+template<class T> void Matrice<T>::iGnumeric(istream& entree){
+}
+
+template<> void Matrice<long double>::iGnumeric(istream& entree){
+	//lecture de matrices contenues dans les fichiers Gnumeric XML
+#ifdef XmlParse_INCLUDED
+	//entree.seekg(0);
+
+//cerr << "void Matrice<long double>::iGnumeric(istream& entree) 1" << endl;
+
+	try {
+		olivxml::ImportGnumeric parser;
+		parser.iParseFlux(entree);
+ 		*this = parser.get_set_of_matrix().GetConstMatrice(0);
+  }
+  catch (olivxml::ImportGnumeric::Anomalie pb){
+		throw Anomalie(1);
+  }
+//cerr << "void Matrice<long double>::iGnumeric(istream& entree)" << endl;
+//cerr << "void Matrice<long double>::iGnumeric(istream& entree) apres" << endl;
+#else
+	throw Anomalie(1);
+#endif
+}
+
 template<class T> void Matrice<T>::iNtsys(istream& entree){
 	//lecture de matrices contenues dans les fichiers NTSYS
 	char car;
@@ -324,7 +453,8 @@
 				//3=> les 2 //0=> rien
 	unsigned long i,j, nc, nl;
 	int miss, type;
- 
+
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree)" << endl;
 	entree.seekg(0);
 
 	car = entree.peek();
@@ -338,14 +468,16 @@
 //		entree.get(car);
 		car = entree.peek();
 	}
-	if (entree.eof()!=0) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) 2" << endl;
+	if ((entree.eof()!=0) || (entree.fail())) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) 3" << endl;
 
 //	mot[0] = car;
 //	mot[1] = '\0';
 //	type = atoi(mot);
 
 	GetLigneFlot(entree, mot); //ligne 0 L23 L34 missing_value
- 	if ((mot.GetNbMots() != 4)||(entree.eof()!=0))  throw Anomalie(1);
+ 	if ((mot.GetNbMots() != 4) || (entree.fail()) ||(entree.eof()!=0))  throw Anomalie(1);
 
 	mot.GetMot(1,sousmot);
 	type = atoi(sousmot.c_str());
@@ -355,18 +487,20 @@
 	//nombre de lignes
 	mot.GetMot(2,sousmot);
 //	entree >> mot;
-	if (sousmot[0] == 'L') {
+	if (sousmot[sousmot.size()-1] == 'L') {
 		sousmot.Remplacer("L","");
-//		titres = 1;
+		titres = 1;
+//		strcpy(mot + strlen(mot) - 1,"");
 	}
 	nl = atoi(sousmot.c_str());
 	if ((nl > 9999) ||(nl<1)) throw Anomalie(1);
 
 		//nombre de colonnes
 	mot.GetMot(3,sousmot);
-	if (sousmot[0] == 'L') {
+	if (sousmot[sousmot.size()-1] == 'L') {
 		sousmot.Remplacer("L","");
-//		titres = titres + 2;
+		titres = titres + 2;
+//		strcpy(mot + strlen(mot) - 1,"");
 	}
 	nc = atoi(sousmot.c_str());
 	if ((nc > 9999) ||(nc < 1)) throw Anomalie(1);
@@ -377,29 +511,34 @@
 
 
 	resize(nl,nc);
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) nc nl " << _nc << _nl << endl;
 
 	_miss = miss;
 	_type = type;
 
 	_flag = titres;
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) 2" << endl;
 	//lecture des �tiquettes, lignes puis colonnes
 	if ((titres == 1)||(titres == 3)){
 		//�tiquettes des lignes
 		for (i=0; i<_nl; i++) {
 			entree >> _tlig[i];
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) _tlig " << _tlig[i] << endl;
 			if (entree.fail()) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
 //			_tlig[i].assign(mot);
 		}
 	}
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) 3" << endl;
 
 	if ((titres == 2)||(titres == 3)){
 		//�tiquettes des colonnes
 		for (i=0; i<_nc; i++) {
 			entree >> _tcol[i];
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) tcol " << _tcol[i] << endl;
 			if (entree.fail()) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
 		}
 	}
-	
+
 	//lecture de la matrice proprement dite
 	switch (_type) {
 		case 1:
@@ -419,12 +558,14 @@
 	// cas des matrices triangulaires
 		if (_flag == 2) _tlig = _tcol;
 		if (_flag == 1) _tcol = _tlig;
-		
+
+		entree.clear();
 
 		for (i=0; i<_nc; i++) {
 			for (j=0; j<=i; j++) {
 //				entree >> (long double) _tab[(i*_nc) + j];
 				entree >> _tab[(i*_nc) + j];
+//cerr << "Matrice<T>::iNtsys(istream& entree) 4 " << _tab[(i*_nc) + j] << " " << i << " " << j << endl;
 				if (entree.fail()) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
 				_tab[(j*_nc) + i] = _tab[(i*_nc) + j];
 			}
@@ -435,7 +576,7 @@
 		throw Anomalie(1);
 		break;
 	}
-	
+
 }
 
 template<class T> void Matrice<T>::iPhylip(istream& entree){
@@ -444,10 +585,15 @@
 	ChaineCar sousmot;
 	unsigned long nbmot;
 	unsigned long i, j;
-	long nl, nc, top;
+	long nl(0), nc(0), top(0);
 
-	GetLigneFlot(entree, mot);
-		
+//	entree.seekg(0);
+	entree.clear();
+
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree)" << endl;
+	mot.GetLigneFlot(entree);
+
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree) 2" << endl;
 	nbmot = mot.GetNbMots();
 	if ((nbmot <1) || (nbmot > 2)) throw Anomalie(1);
 
@@ -455,6 +601,7 @@
 	if (sousmot.EstUnChiffre() == false) throw Anomalie(1);
 	nl = atol(sousmot.c_str());
 
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree) 3" << endl;
 	_flag = 0;
 	if (nbmot == 1) {
 		resize(nl,nl);
@@ -471,8 +618,12 @@
 //	GetLigneFlot(entree, mot);
 	GetLigneFlot(entree, mot);
 	mot.GetMot(1,sousmot);
-	if (sousmot.EstUnChiffre() == false) _flag = 0;
-	else _flag = 1;
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree) coucou 1 " << sousmot << endl;
+	if (sousmot.EstUnChiffre()) _flag = 0;
+  else { // titre de ligne
+ 		_flag = 1;
+   	_tlig.resize(nl);
+  }
 /*	nbmot = mot.GetNbMots();
 	if (nbmot == (_nc + 1)) {
 		_flag = 1;
@@ -481,11 +632,12 @@
 		_flag = 0;
 	}
 	else throw Anomalie(1);
-*/	
+*/
 	entree.seekg(top);
 
 	for (i = 0; i < _nl; i++) {
 		if ((_flag == 1)||(_flag == 3)) entree >> _tlig[i];
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree) coucou 2 " << _tlig[i] << endl;
 		if (entree.fail()) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
 		for (j = 0; j < _nc; j++) {
 			entree >> GetCase(i,j);
@@ -495,9 +647,11 @@
 	SetType(1);
 	SetType(2);
 
+//cerr << "Matrice<T>::iPhylip(istream& entree) fin" << endl;
+
 }
 
-	
+
 template<class T> void Matrice<T>::iExcel(istream& entree){
 	//lecture de matrices contenues dans des fichiers Excel
 	// la matrice doit �tre indiqu�e par "/" ou "#" et commencer
@@ -512,7 +666,7 @@
 	unsigned long i,j;
 	long nc(0), nl(0);
 	long debut, top;
- 
+
 	entree.seekg(0);
 
 	entree.get(car);
@@ -525,7 +679,7 @@
 		entree.get(car);
 	}
 
-//cerr << "coucou excel";
+//cerr << "coucou excel 2";
 	if (entree.fail()) throw Anomalie(1);//erreur de lecture
 	nc = 0;
 	nl = 0;
@@ -620,7 +774,7 @@
 	SetType(2);
 //	}
 //	catch (Matrice<T>::Anomalie erreur) {
-	//	cout << erreur.fmessage(erreur.le_pb);		
+	//	cout << erreur.fmessage(erreur.le_pb);
 //		SetType(1);
 //	}
 }
@@ -839,7 +993,7 @@
 		//copie des �tiquettes des colonnes
 		Resultat._flag = 2;
 		Resultat._tcol = _tcol;
-		Resultat._tlig = _tcol;		
+		Resultat._tlig = _tcol;
 	}
 
 	for (i = 0; i < _t ; i++) {
@@ -870,7 +1024,7 @@
 	}
 	if ((_flag == 1)||(_flag == 3)){
 		//copie des �tiquettes des lignes
-		Resultat._tlig = _tlig;		
+		Resultat._tlig = _tlig;
 	}
 
 	for (i = 0; i < _t ; i++) {
@@ -903,7 +1057,7 @@
 	}
 	if ((_flag == 1)||(_flag == 3)){
 		//copie des �tiquettes des lignes
-		Resultat._tlig = _tlig;		
+		Resultat._tlig = _tlig;
 	}
 
 	for (i = 0; i < _t ; i++) {
@@ -915,7 +1069,7 @@
 }
 
 template<class T> long double Matrice<T>::fdet() const{
-	//calcul du d�terminant d'une matrice par r�cursivit�
+	//calcul du d�terminant d'une matrice par r�cursivit
 	// Olivier Langella 29 oct 98
 	// D'apr�s J. Lefebvre "introduction aux analyses statistiques
 	// multidimensionnelle" p 36
@@ -932,7 +1086,7 @@
 }
 
 template<class T> long double Matrice<T>::fdetrec() const{
-	//calcul du d�terminant d'une matrice par r�cursivit�
+	//calcul du d�terminant d'une matrice par r�cursivit
 // utilis� par fdet;
 	long double det(0);
 	unsigned long i;
@@ -945,7 +1099,7 @@
 		return(det);
 	}
 	else {
-		
+
 		for (i=0; i < _nl; i++) {
 			calculs = *this;
 			calculs.SupprCol(0);
@@ -1083,7 +1237,7 @@
 	long double temp,teta;
 	unsigned long i, j, nc(_nc);
 	long ind1, ind2;
-		
+
 	long double scarre(0), tracecar;
 
 	for (i = 0 ; i <_t;i++) {
@@ -1109,7 +1263,7 @@
 				}
 			}
 		}
-	
+
 		// calcul de teta
 		teta = (matA._tab[(posr*nc) + poss] * 2) / (matA._tab[(posr*nc) + posr] - matA._tab[(poss*nc) + poss]);
 		teta = atan(teta) / 2;
@@ -1331,7 +1485,7 @@
 }*/
 
 template<class T> istream& operator>>(istream& ientree, Matrice<T>& lamatrice) {
-	
+
 //cerr << "coucou";
 	lamatrice.iFichier(ientree);
 //cerr << "coucou";
@@ -1342,7 +1496,7 @@
 
 template<class T> void Matrice<T>::oPhylip(ostream& fichier) {
 	unsigned long i, j;
-	
+
 	fichier.setf(ios::scientific);
 
 /*	// �criture du titre
@@ -1382,7 +1536,7 @@
 }
 
 template<class T> void Matrice<T>::iFichier(istream& ientree) {
-	int nbformat(5),i(1);
+	int nbformat(6),i(1);
 	char car;
 	bool autre(true);
 
@@ -1399,6 +1553,8 @@
 		try {
 			ientree.clear();
 			ientree.seekg(0);
+   		//ientree.seekg (0, ios::beg);
+   //		ientree.rewind();
 			_titre.resize(0);
 //cerr << "coucou ifichier" << i << endl;
 			iFichier(ientree,i);
@@ -1410,7 +1566,8 @@
 			if (erreur.le_pb > 0) {
 				autre = true;
 				if (i == (nbformat-1)) {
-					cerr << erreur.fmessage(erreur.le_pb)<< endl;
+//					cerr << erreur.fmessage(erreur.le_pb)<< endl;
+					throw Anomalie(1);
 					autre = false;
 				}
 				erreur.le_pb = 0;
@@ -1420,6 +1577,8 @@
 	}
 }
 
+MatriceLD::MatriceLD():Matrice<long double>() {};
+
 void MatriceLD::fdiagonalisation(MatriceLD & matdiag, vector<long double>& pvlp) {
 /******************************************************************************/
 /*                  DIAGONALISATION DE LA MATRICE  (Householder)        */
@@ -1436,9 +1595,9 @@
 
 	matdiag.resize(_nc,_nc);
 	matdiag.SetType(2);
+ 
+	ps = new long double[_nc];
 
-	ps = new (long double[_nc]);
-	
 	matdiag._titre = _titre;
 	matdiag._titre.push_back("diagonalisation par la methode Q-L");
 	matdiag._flag = _flag;
@@ -1582,7 +1741,7 @@
 		c = 0;
 		i = (_nc-1)-j+1;
 		k = i-1;
-	
+
 		if ( k < 1){
 			*(ps+i) = *(pcov + rindice(i,k));
 			pvlp[i] = b;
@@ -1723,11 +1882,12 @@
 
 	res._flag = res._flag + 2; //num�rotation des axes
 	for (i=0; i < res._nc; i++) {
+//		strcpy(temp,"axe_");
 //		itoa(i + 1,temp + 4,10);
 //		strcat(temp,"");
 		res._tcol[i].assign("axe_");
 		res._tcol[i].AjEntier (i + 1);
-		
+
 //		res._tcol[i].assign(temp);
 		stat._tlig[i].assign(res._tcol[i]);
 	}
@@ -1855,7 +2015,7 @@
 	//triangulaire inf�rieure, de type 2 pour NTSYS
 	//pstat: matrice contenant les statistiques sur l'importance de
 	//chaque axe dans un espace � n dimensions
-	//pcoord: matrice contenant les coordonn�es des OTUs (r�sultat) dans cet 
+	//pcoord: matrice contenant les coordonn�es des OTUs (r�sultat) dans cet
 	// espace � n dimensions
 
 	MatriceLD& pmat1 = *this;
@@ -1891,7 +2051,7 @@
 
 
 //	mdiag.normalise(&mnormalisee, pmat1, pvlp) ;
-	
+
 	//coordcol redimensionne pstat et pcoord
 	pmat1.fcoordcol(pstat, pcoord, mdiag, pvlp) ;
 //cerr << "MatriceLD::fatd (MatriceLD& pcoord, MatriceLD& pstat) fin" << endl;
@@ -1904,10 +2064,15 @@
 }
 
 // Lecture de fichiers contenant plusieurs matrices
+void JeuMatriceLD::iFluxXML(istream& entree) {
+
+}
+
 void JeuMatriceLD::iFlux(istream& entree) {
 // Lecture de fichiers contenant plusieurs matrices
 
 	stringstream* tampon;
+	bool is_xml(false);
 //	iostream ensortie(tampon.rdbuf());
 	char car;
 	ChaineCar ligne;
@@ -1921,7 +2086,7 @@
 	entree.seekg(0);
 	positions.push_back(0);
 	positions.push_back(0);
-	
+
 	entree.get(car);
 	while (entree.good()) {
 		if ((car == '/') && (entree.peek() == '/')) {
@@ -1936,11 +2101,20 @@
 		}
 		else {
 			GetLigneFlot(entree, ligne);
+   		if (ligne.find("xml version=\"1.0\"", 0) > 0) {
+     		// c'est du ricql�������s !!!!!
+       	is_xml = true;
+        break;
+      }
 		}
 		positions.back() = entree.tellg();
 		entree.get(car);
 	}
 
+ 	if (is_xml) {
+  	iFluxXML(entree);
+   	return;
+  }
 	// remplissage du buffer de matrices
 
 	for (i = 0 ; i < (positions.size() - 1); i += 2) {
@@ -1989,7 +2163,10 @@
 
 void JeuMatriceLD::oFlux(ostream& sortie, int format) const {
 // Ecriture de fichiers contenant plusieurs matrices
-
+	if (format == 5) {
+   	oGnumeric(sortie);
+    return;
+  }
 	long i, taille(_tableau.size());
 
 	for (i=0; i < taille; i++) {
@@ -2000,6 +2177,62 @@
 
 }
 
+void JeuMatriceLD::oGnumeric(ostream& fichier) const {
+// Ecriture de fichiers contenant plusieurs matrices
+	long i, taille(_tableau.size());
+
+	fichier << "<?xml version=\"1.0\"?>";
+	fichier << "<gmr:Workbook xmlns:gmr=\"http://www.gnumeric.org/v10.dtd\" xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\" xsi:schemaLocation=\"http://www.gnumeric.org/v8.xsd\">"<< endl;
+	fichier << "<gmr:Attributes>"<< endl;
+	fichier << "   <gmr:Attribute>"<< endl;
+      fichier << "<gmr:name>WorkbookView::show_horizontal_scrollbar</gmr:name>"<< endl;
+     fichier << " <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:name>WorkbookView::show_vertical_scrollbar</gmr:name>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>WorkbookView::show_notebook_tabs</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Attribute>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>WorkbookView::do_auto_completion</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:type>4</gmr:type>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:value>TRUE</gmr:value>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Attribute>"<< endl;
+ fichier << " </gmr:Attributes>"<< endl;
+ fichier << " <gmr:Summary>"<< endl;
+  fichier << "  <gmr:Item>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:name>biology softwares</gmr:name>"<< endl;
+    fichier << "  <gmr:val-string>http://www.pge.cnrs-gif.fr/bioinfo</gmr:val-string>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Item>"<< endl;
+   fichier << " <gmr:Item>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:name>author</gmr:name>"<< endl;
+   fichier << "   <gmr:val-string>Olivier Langella, Olivier.Langella@pge.cnrs-gif.fr</gmr:val-string>"<< endl;
+   fichier << " </gmr:Item>"<< endl;
+  fichier << "</gmr:Summary>"<< endl;
+  fichier << "<gmr:SheetNameIndex>"<< endl;
+	for (i=0; i < taille; i++) {
+		fichier << "<gmr:SheetName>" << _titres[i] << "</gmr:SheetName>"<<endl;
+	}
+
+  fichier << "</gmr:SheetNameIndex> "<< endl;
+ fichier << "<gmr:Sheets>	 "<< endl;
+//	fichier.setf(ios::scientific);
+
+	for (i=0; i < taille; i++) {
+		_tableau[i]->oGnumericSheet(fichier, _titres[i]);
+	}
+
+  fichier << " </gmr:Sheets> "<< endl;
+	fichier << "</gmr:Workbook> "<< endl;
+
+}
+
 void JeuMatriceLD::SetTitre(long i, const char * chaine) {
 
 //	if ((i < 0) || (i >= _titres.size())) throw Anomalie(1);
@@ -2021,3 +2254,6 @@
 	for (i=0 ; i < nouvtaille; i++) _tableau[i] = new MatriceLD;
 	
 }
+
+} //namespace biolib {
+} //namespace vecteurs {
diff -Nru /tmp/mnYh0Z9cJF/treeplot-0.7.3/src/matrices.h /tmp/5iwgCcEfVX/treeplot-0.7.4/src/matrices.h
--- treeplot-0.7.3/src/matrices.h	2008-11-07 18:54:24.000000000 +0000
+++ treeplot-0.7.4/src/matrices.h	2008-11-27 18:20:03.000000000 +0000
@@ -25,11 +25,24 @@
 #ifndef MATRICES_H
 #define MATRICES_H
 
+//#define WITHOUT_EXPAT
+//#ifndef WITHOUT_EXPAT
+//#include "expat.h"
+//#endif
 
-#include"vecteurs.h"
 #include <iostream>
+#include <sstream>
 #include <fstream>
+#include <cstdlib>
+#include <string>
+#include <vector>
 #include <cmath>
+//#include <locale>
+#include "vecteurs.h"
+
+namespace biolib {
+namespace vecteurs {
+
 
 class MatriceLD;
 class MatriceF;
@@ -78,9 +91,9 @@
 	void SetType(int type); //type de matrice:
 	//1 -> rectangulaire
 	//3 -> triangulaire
-	virtual void resize(unsigned long nblig, unsigned long nbcol); //efface et réalloue de la mémoire
-	virtual void SupprCol(unsigned long); //efface et réalloue de la mémoire
-	virtual void SupprLig(unsigned long); //efface et réalloue de la mémoire
+	virtual void resize(unsigned long nblig, unsigned long nbcol); //efface et réalloue de la mémoire
+	virtual void SupprCol(unsigned long); //efface et réalloue de la mémoire
+	virtual void SupprLig(unsigned long); //efface et réalloue de la mémoire
 	virtual bool redim(unsigned long, unsigned long); //redimensionne la matrice
 
 	void ftranspose();
@@ -108,12 +121,19 @@
 			case 1:
 				iExcel(entree);
 				return;
+ 		   	break;
 			case 2:
 				iNtsys(entree);
 				return;
+  	  	break;
 			case 4:
 				iPhylip(entree);
 				return;
+ 		   	break;
+			case 5:
+				iGnumeric(entree);
+				return;
+  	  	break;
 			default:
 				return;
 		}	
@@ -135,6 +155,10 @@
 				oPhylip(sortie);
 			//	throw Anomalie(6);
 				break;
+			case 5:
+				oGnumeric(sortie);
+			//	throw Anomalie(6);
+				break;
 			default:
 				break;
 		}
@@ -165,9 +189,12 @@
 
 	virtual void iNtsys(istream & entree);
 	virtual void iExcel(istream & entree);
+	virtual void iGnumeric(istream & entree);
 	virtual void iPhylip(istream & entree);
 	void oNtsys(ostream & sortie);
 	void oExcel(ostream & sortie);
+	void oGnumeric(ostream & sortie);
+	void oGnumericSheet(ostream& fichier, const string & sheetname) const;
 	void oPhylip(ostream& sortie);
 	void oXgobi(const string&);
 	
@@ -183,7 +210,8 @@
 
 
 protected :
-	long double fdetrec() const;
+	
+ long double fdetrec() const;
 
 	long rindice(long ligne, long colonne) {
 		//if (_type == 3) if (colonne > ligne) return((colonne * _nc) + ligne);
@@ -195,7 +223,7 @@
 	unsigned long _nl; //nb de lignes (j)
 	unsigned int _type; //type de matrice
 	int _miss; //missing value
-	unsigned int _flag; //étiquettes
+	unsigned int _flag; //étiquettes
 //1=> titres des lignes 2=> titres des colonnes
 				//3=> les 2 //0=> rien
 
@@ -210,11 +238,11 @@
 
 				// 1-> erreur pendant lecture de fichier
 		// 2-> erreur dans mdiaggl
-		// 3-> opération impossible sur ce type de matrice
+		// 3-> opération impossible sur ce type de matrice
 		// 4-> calcul impossible
-		// 5-> Echec de la conversion de la matrice en matrice symétrique
+		// 5-> Echec de la conversion de la matrice en matrice symétrique
 
-		// 6-> erreur pendant l'écriture du fichier
+		// 6-> erreur pendant l'écriture du fichier
 		// 7-> acces hors bornes dans la matrice
 		int le_pb;
 		string _message;
@@ -225,16 +253,16 @@
 				_message = "Erreur pendant la lecture du fichier...";
 				break;
 			case 2:
-				_message = "Cette matrice ne peut être diagonalisée";
+				_message = "Cette matrice ne peut être diagonalisée";
 				break;
 			case 3:
-				_message = "Opération impossible sur ce type de matrice";
+				_message = "Opération impossible sur ce type de matrice";
 				break;
 			case 4:
 				_message = "Calcul impossible";
 				break;
 			case 5:
-				_message = "Echec de la conversion de la matrice en matrice symétrique";
+				_message = "Echec de la conversion de la matrice en matrice symétrique";
 				break;
 			case 6:
 				_message = "Erreur pendant l'ecriture du fichier";
@@ -273,11 +301,11 @@
 // les matrices
 class MatriceLD:public Matrice<long double>  {
 public :
-	MatriceLD():Matrice<long double>() {};
+	MatriceLD();
 	MatriceLD(long nl, long nc = 0):Matrice<long double>(nl,nc){};
 	MatriceLD(const MatriceLD& lamatrice):Matrice<long double>(lamatrice){}; //constructeur de copie
 	MatriceLD(const Matrice<long double>& lamatrice):Matrice<long double>(lamatrice){}; //constructeur de copie
-	~MatriceLD() {};
+	virtual ~MatriceLD() {};
 
 	void fatd (MatriceLD&, MatriceLD&);
 	void fscalaire(MatriceLD& pscalaire);
@@ -313,6 +341,7 @@
 	~JeuMatriceLD() {long i, t(_tableau.size()); for (i=0 ; i < t; i++) delete _tableau[i];}
 	
 	MatriceLD& GetMatrice(long i) {return *(_tableau[i]);}
+	const MatriceLD& GetConstMatrice(long i) const {return *(_tableau[i]);}
 	MatriceLD& GetMatrice(ChaineCar chaine) {
 		long i(_titres.Position(chaine));
 		if (i < 0) throw Anomalie(1);
@@ -332,7 +361,10 @@
 
 
 private:
-	vector<MatriceLD*> _tableau;
+	void iFluxXML(istream& entree);
+	void oGnumeric(ostream& sortie) const;
+	
+ vector<MatriceLD*> _tableau;
 	Titre _titres;
 	
 	
@@ -366,7 +398,10 @@
 //ofstream& operator<<(ofstream& sortie,MatriceLD& lamatrice);
 template<class T> ofstream& operator<<(ofstream& sortie,Matrice<T>& lamatrice);
 
-template<class T> istream& operator>>(istream& ientree,Matrice<T>& lamatrice);
+template<class T> istringstream& operator>>(istringstream& ientree,Matrice<T>& lamatrice);
+
+} //namespace biolib {
+} //namespace vecteurs {
 
 #endif